В 1890 году совершилось важное событие в жизни Дмитрия Ивановича и университета: Дмитрий Иванович должен был прекратить свои лекции. Случилось это так. В университете между студентами начались волнения. Они начали устраивать в университете сходки, говорить речи и волновались. В таких случаях Дмитрий Иванович ходил на собрания студентов, слушал их и часто говорил с ними. Студенты его любили, несмотря на то, что он говорил резко; они знали, что он всегда говорил правду, ничего и никого не стесняясь. Смуты и сходки в 1890 году упорно не прекращались. Наконец, появилась полиция. В то время, как наверху бушевала многолюдная сходка, жандармы оцепили университет; дело принимало серьезный оборот, надо было ожидать схватки, арестов и затем исключений. Квартира наша (там, где теперь кабинет Д. И. Менделеева) была с главного входа; шум сходок всегда у нас бывал слышен; даже можно было от нас определить приливы и отливы бурных настроений.
Дмитрий Иванович пошел наверх на сходку, чтобы предупредить печальный исход. Он предложил студентам изложить их желания письменно, а сам брался отвезти их петицию министру. Студенты согласились, передали петицию Дмитрию Ивановичу и мирно разошлись. Столкновение с полицией со всеми возможными последствиями было предупреждено. Желания, выраженные студентами, были исключительно академического характера. Дмитрий Иванович отвез петицию министру И. Д. Делянову. Министр возвратил ее ему при сопроводительной бумаге такого содержания:
"По распоряжению министра просвещения, прилагаемая бумага возвращается профессору Менделееву, так как ни министр и никто из состоящих на службе его императорского величества не имеет права принимать подобные бумаги. 26 марта 1890 г."
Дмитрий Иванович был к этому готов. Когда он ехал к Делянову с петицией, на всякий случай написал прошение об отставке и имел его в кармане. Получив от Делянова такой ответ на свое ходатайство за студентов, он немедленно послал прошение об отставке.
Вильям Тильден, английский биограф Дмитрия Ивановича писал об этом: "Бестактный ответ министра, последовавший вместо благодарности -- простая препроводительная надпись с отказом от рассмотрения петиции и возобновившиеся после этого беспорядки вынудили Дмитрия Ивановича подать прошение об отставке".