Как всегда твердый в своих решениях, Дмитрий Иванович тотчас отыскал квартиру (на Кадетской линии). Желая смягчить переход с казенной на частную квартиру, он, отправив нас в деревню, приложил все старания, чтобы наша новая квартира была уютна, особенно моя комната. Возвратясь осенью из Боблова и войдя в эту новую квартиру, мы были приятно удивлены: так хорошо все было устроено. А я, зная, какую массу труда надо было вложить, чтобы перевезти столько вещей и книг, была тронута, как Дмитрий Иванович самоотверженно взял этот труд на одного себя. Я долго не могла опомниться. Опять удар оттуда, откуда нельзя было его ждать -- из Министерства Народного Просвещения. Когда-то оттолкнула Дмитрия Ивановича Академия Наук. Все Академии мира имеют в числе своих членов Д. И. Менделеева, но только не Петербургская.
В бытность министром народного просвещения Д. А. Толстого он изготовил свой проект преобразования гимназий. Проект обсуждался в комиссиях. Д. И. Менделеев, тогда профессор Петербургского университета, со свойственной ему горячей правдивостью, разносил чреватый многими бедами для России проект. Д. А. Толстой был уязвлен в своем авторском самолюбии и пустил в ход все пружины, чтобы насолить своему оппоненту, задавить его, даже стереть его с лица земли... Толстой направил на Менделеева полицию. Дмитрий Иванович был окружен, опутан тонким сыском; каждое слово его заносилось в секретные рапорты, за каждым шагом следили. Градоначальник вызывал Дмитрия Ивановича к себе и, похлопывая рукой по объемистому "делу" в синей обложке, говорил: "У меня уже вот какое дело за два года набралось о вас. Тут все есть: все ваши разговоры, действия и тому подобное. Теперь мне нужно составить доклад". Но как ни бился его враг, а ничего не вышло. Граф Толстой принимался за Менделеева с разных сторон, но все безуспешно. Не раз он приглашал Менделеева на обед, но профессор всегда оказывался болен в назначенный день, и эти приглашения министра ни к чему не привели, сближения никакого с оппонентом не произошло.
Но то, чего не мог сделать всесильный министр, задержавший в ежовых рукавицах прогресс России, то сделал президент Академии Наук, все тот же гр. Толстой. Поставлена была кандидатура Д. И. Менделеева в члены Академии. Граф Толстой распорядился строго не выбирать Менделеева. Баллотировка дала отрицательный результат. Возникла легенда о том, что немцы провалили Менделеева в родной Академии, что немецкое засилье восторжествовало столь обидным для русских образом. Даже перед смертью гр. Толстой завещал Веселовскому: "Только помни, Менделеева ни под каким видом не избирайте в Академию".
Впоследствии Академия все-таки выбрала Д. И. Менделеева в свои члены, но он сам отказался, не дав своего согласия на выборы. В обществе говорили, что "Менделеев отставил от себя Академию".
А сколько энергии, усилий, ума было затрачено, чтобы добиться, например, постройки приличной химической лаборатории в университете. Как радовался Дмитрий Иванович, когда это удалось, когда была закладка нового здания в университетском саду, и он мог бы начать работать в хорошей лаборатории. Ведь до тех пор он работал в неудобной, тесной и бедной инвентарем лаборатории.
Я старалась не показывать Дмитрию Ивановичу, как за него огорчалась. Да и самой мне было больно уходить из университетской квартиры, в которой пережито столько хорошего, где родились все мои дети... Сам Дмитрий Иванович был бодр, я заметила даже особенный подъем духа.
"Настойчивая просьба товарищей не смогла его заставить изменить раз принятого решения: со стороны же министра не было сделано никаких шагов для того, чтобы загладить свою вину перед Менделеевым, и чтобы вернуть университету его лучшее украшение". {Проф. Чугаев. Д. И. Менделеев.}