1 февраля появилось воззвание от студентов-академистов: "Русские университеты переживают тяжелое время, они перестали быть храмом науки, аудитории обращены в центры незаконных сборищ, наши университеты погибают. Студенчество катится по наклонной плоскости, подталкиваемое всевозможными подпольными коалиционными комитетами, устрашающими студентов и питающими их едкой политикой, а оно, студенчество, соглашаясь на забастовку, служит, таким образом, невольным и послушным орудием политических партий. До сих пор московские академисты были молчаливыми зрителями, теперь же, после признания профессорами своего бессилия восстановить спокойное течение академической жизни, мы поднимаем свой голос, призывая студенчество присоединиться к девизу: "Родина, честь, наука. Долой забастовку!"
Через несколько дней получено было известие, что отставки профессоров Мануйлова, Мензбира и Минакова приняты и они уволены не только от должностей, но и от кафедр с причислением их к министерству. Это известие вызвало огромное волнение в университете, где никак не ожидали столь решительного и активного оборота против лиц, для демонстрации покинувших свои ответственные должности в такой серьезный момент, и 35 профессоров левого крыла решили последовать демонстративному поступку Мануйлова, Мензбира и Минакова и подать прошения об отставке с кафедр. Совет командировал депутацию к министру народного просвещения просить оставить Мануйлова, Мензбира и Минакова при университете, но депутация принята не была, тогда Мануйлов, за болезнью профессора Зернова, сдал должность декану графу А. А. Комаровскому.
Оборот дела оказался весьма печальным. А весь сыр-бор загорелся из-за того, что пресловутая автономия, до которой наши университеты в то время еще не доросли, была использована студентами исключительно в том смысле, чтобы свободные сходки по частным студенческим делам явились ширмой всяких посторонних совещаний, прежде всего политических. Понятно, что на сходках толковали и о революционных предприятиях. Было известно, что за границей революционеры постановили произвести атаку на слабую сторону государственного строя России. А так как слабой стороной являлись автономные университеты, то их и наметили в первую голову. Как только стало заметно исключительно революционное направление сходок, то появился циркуляр, отменявший их на время. Этого было достаточно — циркуляр вызвал протест, и студенчество реагировало на него забастовкой.