В конце января во всех высших учебных заведениях не только Москвы, но и других университетских городов неожиданно как-то вспыхнули среди молодежи волнения; началось брожение, большая часть молодежи решила бастовать, срывать лекции, другая, меньшая, группа стремилась к занятиям. Профессора продолжали читать лекции, имея иногда в аудитории всего несколько человек слушателей, а так как бастовавшие студенты начали даже производить насилия, избивая своих товарищей, желавших заниматься, не допуская профессоров в аудитории и т. п., то в университет введена была полиция для охранения аудиторий во время чтения лекций и ареста студентов, призывавших к насилию.
28 января Совет университета в лице ректора Мануйлова, его помощника Мензбира и проректора Минакова, боясь потерять свою популярность и быть обвиненными в допущении полиции в университет, заявили о своем выходе в отставку, мотивируя свой уход: 1) создавшееся положение делало невозможным для выборной университетской администрации выполнять возложенные на нее обязанности; г) выход в отставку ректора, его помощника и проректора является неизбежным результатом создавшегося положения. Одновременно с сим Совет постановил ходатайствовать о временном закрытии университета ввиду повышенного настроения учащихся.
29 января в Москву прибыл новый попечитель учебного округа А. А. Тихомиров; в этот день некоторые из профессоров, читавшие до сих пор лекции, под влиянием вынесенного накануне Советом постановления, отказались читать лекции под охраной полиции.
30-го было получено известие, что ходатайство о временном закрытии университета отклонено.