Все это служило плохим предназначением для работы губернских комитетов, которая открывалась в январе 1903 г. И действительно во многих губернских комитетах дело не обошлось без тяжелых инцидентов.
В тамбовском комитете произошло столкновение между группой членов и губернатором, председательствовавшим в комитете. В сводке заключений уездных комитетов, представленной на обсуждение губернского комитета, оказались опущенными все заключения темниковского комитета, заключавшие в себе широкую программу демократических реформ. Раздались требования, чтобы этот пробел был пополнен. Губернатор решительно отказал. Тогда из комитета демонстративно вышли Петрово-Соловово, Новосильцев, Любощинский, — все деятельные участники земских съездов. Такая же история разыгралась в тверском губ. комитете. Там из сводки были исключены все постановления новоторжокского комитета и многие постановления других уездных комитетов. И.И. Петрункевич резко протестовал против этого и требовал расширения программы занятий, и, когда во всем было отказано, все гласные тверского земства, приглашенные в состав комитета, покинули его. Такой же исход всех земцев с Шиновым во главе последовал из московского комитета, после того, как не была допущена к прочтению и обсуждению записка Шинова о правовом положении крестьян. В целом ряде других комитетов произошли аналогичные столкновения. Нетрудно представить себе, как все это накаляло и без того разгоряченную политическую атмосферу.
Весною 1902 г. разыгрались обширные крестьянские волнения в Полтавской и Харьковской губерниях, сопровождавшиеся ограблением помещичьих усадьб. Плеве применил тут "групповую ответственность", что вызвало тогда общее недоумение и что теперь возведено у большевиков в общепринятый прием репрессии. Было объявлено указом сенату, что ответственность за учиненные беспорядки должна быть возложена не только на участников этих беспорядков, но и на те сельские общества, к которым они принадлежат. Из государственного казначейства было отпущено 800 000 рублей на вознаграждение потерпевших землевладельцев за понесенный ими ущерб, а исчисление размеров этого ущерба возложено на особые комиссии. А на возмещение государственному казначейству этой суммы вышеупомянутые сельские общества были обложены особым сбором сверх всех прочих существующих податей и сборов.
Отчасти в связи с этими волнениями Плеве ополчился на земских статистов, признав их сеятелями смуты среди крестьянского населения, и прекратил земские статистические работы по собиранию сведений о недвижимых имуществах.
Закончился 1902 год некоторой переменой в строе центральной администрации, объективно незначительной, но в глазах людей, осведомленных о закулисных тайнах правящего Олимпа, имеющей показательный смысл. В ноябре 1902 г. от Министерства финансов было отделено заведывание торговым мореплаванием и портами в виде самостоятельного Главного управления, во главе которого был поставлен вел. князь Александр Михайлович. Когда у Витте государь спросил, как он смотрит на это нововведение с точки зрения удобства для Министерства финансов, Витте ответил: "От руки палец отрезали". То было начало кампании против Витте, которую подготовлял и проводил Плеве.