В Петербурге Витберг подал государю письмо, в котором объяснял все дело комиссии и что он не в силах противоборствовать. Государь собирался в Таганрог. Перед отъездом своим назначил ему вечер для личного объяснения, но, задержанный прощальными свиданиями, поручил ему объяснить все дело графу Аракчееву, к которому поступили и все бумаги по комиссии.
Из свидания с Аракчеевым Витберг заметил, что ему хорошо известны дела комиссии и правильность его действий; меры Кушникова он называл опрометчивыми, а относительно неприятностей, вынесенных Витбергом, сказал ему: "Ну, уж что делать, за то, верно, государь император наградит вас". Таким образом, граф, завязавший интригу, хотел развязать ее наилучшим образом в пользу великого памятника России. Но он вскоре заболел и был отстранен от дел. Через два месяца император кончил жизнь. Воцарившемуся государю были неизвестны дела комиссии, и Витберг остался один против нескольких лиц с сильными связями, неутомимо стремившимися к его гибели.
Комиссия вошла к императору Николаю Павловичу с докладом, в котором повторила обвинения строителя храма; государь поручил статс-секретарю Николаю Назаровичу Муравьеву отобрать от Витберга объяснения. Муравьевым на поднесенное от комиссии обвинение представлен был следующий доклад:
"Сооружаемого в Москве храма директор и экономической комиссии член, коллежский советник Витберг с полной обстоятельностию отразил все обвинения комиссии, причем изложил сущность той экономической системы построения, которою он руководствовался и то зло и те убытки для казны, какие проистекали от "подрядной системы", которой упорно держались его сочлены по комиссии".
1826 года с ноября месяца, по высочайшему повелению, приказано было генерал-адъютанту Стрекалову исследовать весь ход дел комиссии по построению храма, вследствие жалобы отставного капитана гвардии Ивана Алексеевича Яковлева, состоявшей в том, что каменноломный подрядчик Балкашин самовольно открыл ломку камня в его имении, селе Васильевском, при Москве-реке, взорвал порохом находящиеся в Васильевском горы камня и мрамора, завалил обломками на большое пространство поле и берег реки, чем нанес ему большой вред.
Витберг принужден был давать формальные ответы и показания на запросы следователя.
Следователь был весь на стороне противников художника. Ревизия Стрекалова продолжалась два месяца, сам он лично был только один раз в комиссии. Делом занимался его секретарь с советниками без присутствия Витберга.
Объяснение советников пущено было в ход, Витбергово задержано; он препроводил куда следует с него копию, это послужило к правильному рассмотрению дела, и решением сената подверглись подсудимости не только советники, но и первенствующие члены, которые избавлены были. от оной только по званию своему, а за ними проскользнули и действительные виновники.