Во время этих событий в Москве велись переговоры о заключении торгового соглашения, для подписания которого министр иностранных дел Эстонии Селтер 22 сентября выехал в Москву. Однако уже через два дня он возвратился оттуда, и правительство узнало, что помимо чисто торговых на переговорах поднимались и другие вопросы.
27 сентября министр иностранных дел снова отправился в Москву, где на следующий день был подписан договор о помощи сроком на 10 лет. По договору Советскому Союзу предоставлялось право использовать острова Сааремаа, Хийумаа и район Палдиски в качестве военно-морских баз, а также размещать аэродромы на тех островах, где русские получили право дислоцировать пехотные и лётные подразделения обусловленного состава. Советский Союз в свою очередь обязался снабдить эстонскую армию военным снаряжением.
Сразу же после ратификации договора советская военная комиссия, находившаяся в Таллинне, предъявила новые требования, не вытекавшие из условий договора. В частности, русские потребовали права на использование некоторых аэродромов и права на дислокацию воинских частей на материковой части страны. Кроме того, Советский Союз присвоил себе право пользоваться Таллиннским портом. 18 и 19 октября в страну прибыли русская пехотная дивизия, танковая и авиационная бригады.
Следовательно, для покорения Эстонии больших усилий не потребовалось. Снаряжение армии было опасно недостаточным, и перед глазами эстонцев, несомненно, стояла — в виде предупреждения — судьба Польши. Существовал военный союз с Латвией, но неизвестно, вызвали ли действия России установление контактов между Эстонией и Латвией. С эстонской стороны, правда, раздавались заявления, что латвийское правительство дало отрицательный ответ на запрос, войдёт ли в силу военный договор, если Эстония решит оказать сопротивление, но латыши утверждают, что такого запроса они не получали.
Говорили, что командующий вооружёнными силами Литвы генерал Растикис вроде как сразу же после нападения на Польшу предложил прибалтийским странам заключить между собой военный союз, но Эстония и Латвия якобы отказались из-за боязни, что Советский Союз воспримет такое мероприятие как провокацию. В распоряжении союза прибалтийских стран оказалось бы 20 дивизий.