Мысль автора выходит за пределы каторжной тюрьмы. Он размышляет о богатых возможностях сибирского края, о замечательных чертах народа, сохранившего в суровых, неблагоприятных условиях лучшие свойства национального характера. У сибирского народа, который «не знал крепостного права», Якубович отмечает отсутствие раболепия перед властями, практичность и трезвость взгляда: «Ум его (сибиряка) менее засорен отжившими традициями и предрассудками, более способен к развитию новых идей и понятий, отличается большей независимостью и свободолюбием».
Вся система изобразительных средств книги раскрывает основной социальный конфликт: борьбу двух враждебных миров: мира «отверженных» с миром властей («духов») всех рангов, начиная от штабс-капитана Лучезарова до генерала из Петербурга.
Прием социальной типизации и антитезы является определяющим принципом построения и группировки образов, картин природы к описаний обстановки каторжной жизни. Ожиревший «господин начальник» Лучезаров; толстопузый, с красным опухшим лицом заведующий рудником Монахов — и оборванная голодная «шпанка»; губернатор «с ласковым взглядом и убивающей кроткостью в голосе» — к чахоточные каторжники (Богодаров и Звонаренко); барская обстановка в доме начальника — и зловонные параши в камерах, напоминающих свинарники; ликующая природа Забайкалья — и обледенелые норы рудников, и т. д.
Обобщающим образом власти в книге является «господин начальник» каторжной тюрьмы, штабс-капитан Лучезаров, прозванный «Шестиглазым». По глубине типизации и остроте сатирической характеристики Лучезаров — большое художественное достижение автора. Перед нами встает законченный тип палача-джентльмена, нарисованный еще Достоевским в «Записках из мертвого дома», а позже названный Чеховым в «Острове Сахалине» помесью Держиморды и Яго.
Лучезаров угрожает арестантам не только плетями, как в прошлом «варвар» Разгильдеев. «Нет, я буду бить вас по более чувствительным местам, — говорит он заключенным, — кроме сурового содержания в карцере, на хлебе и воде, в кандалах и наручниках, даже на цепи, если понадобится, я буду лишать виновных скидок и отдавать под суд», то есть увеличивать срок каторги. За внушительной внешностью сановника («за самого фельдмаршала сойти мог»), выхоленного человека, пристрастного к острым духам и лайковым перчаткам, кроется заурядный карьерист и циник, презирающий все истинно человеческое. В тюремных «правилах» Лучезарова — розги, плети, суд, наручники, кандалы, темный карцер, телесное наказание «так и пестрели в глазах, так и скребли по сердцу, словно гвоздь по стеклу». Личность Лучезарова как-то давила и пригнетала к земле, и «каждый чувствовал себя в его присутствии, как собака при виде поднятого над ней кнута».
Как ни слабо было развито у большинства арестантов чувство человеческого достоинства, но и эти жалкие остатки вытравлялись в Шелае, на каждом шагу попиралась их личность. «Ты — каторжный! Ты — раб и больше ничего! Ни божеских, ни человеческих прав у тебя нет, вон как у тех быков, что возят мне воду!» — кричал Лучезаров на заключенных. В тюрьме решительно все было направлено к тому, чтобы превратить людей в автоматы, действующие по команде и «согласно инструкции».
Якубович показывает, как на каторге «постоянный кошмар злых бесчеловечных порядков, обычаев, привычек», не исправляет, а окончательно портит человека (история Огурцова и Миши Пенто). В эпизоде избиения казаком Васькой больного арестанта Якубович подчеркнул, что даже добрый по натуре человек совершает здесь зверские поступки потому только, что их безнаказанно «принято совершать».
Терроризирующий режим каторги приводит Лучезарова и его «образцовую» тюрьму к полному краху. Но Якубович понимает, что убрать одного жестокосердного начальника — это еще не значит хоть сколько-нибудь оздоровить атмосферу каторжного застенка. Уходят Лучезаровы, но остаются их подручные Пальчиковы, Безыменные, Ломовы — те же «бесчеловечные дубины». В конце книги возникает образ новой каторги — Сахалина, которого «страшились, как смертной казни». Это был «живой гроб, из которого нет возврата назад».
В каторжном Шелае автор обобщил материал карийских и акатуйских наблюдений, свидетельствовавших о глубоком антагонизме между заключенными и «начальством». Каторжники, подчеркивал Якубович, — «все без исключения отличались страшной ненавистью к «железным носам», дворянам, купцам, чиновникам». При посещении каторги губернатором «все недовольство, какое накоплялось в ней годами… все это моментально вспыхнуло, как порох от поднесенной к нему горящей спички, и приняло форму страстного, неудержимого протеста». В стихийном протесте каторжников (особенно Семенова) побудительным мотивом является «непримиримая ненависть ко всем существующим традициям и порядкам, начиная с экономических и кончая религиозно-нравственными».
Но если прошлая жизнь «на воле» научила заключенных ненавидеть барина и чиновника, то она не научила их бороться с ними. Еще менее научить этому могла тюрьма. Отсюда — неспособность к борьбе, характерная для большинства обитателей каторжного Шелая. Естественное чувство протеста у заключенных приобретает порой характер диких, анархических порывов. Якубович отмечает, что каторжниками «проповедовались такие разрушительные теории, какие не снились ни одному анархисту в мире».
В арестантской массе Якубович отмечает суеверие, но за редкими исключениями он не заметил в ней следов религиозного умиления. Характерно, что в книге нет описаний ни одного религиозного праздника (Достоевский посвящает этому вопросу целую главу). Молитва, читаемая по утрам, походила скорее на богохуление. В рассказах заключенных «с обычною бранью против закона, веры, бога» автор отмечает особенную злобу и ожесточение против попов. В духовенстве каторга видела защитников власти. Очень характерна сцена посещения камеры немцем-миссионером. Розданные им Евангелия немедленно пошли на курево и другие «еще более низменные потребности».