29 апреля дело Лопухина слушалось в суде. Речь прокурора явилась повторением обвинительного акта, ничего нового он не сказал. Защита была слабая. Лопухин в последнем слове сказал, что все шаги, которые он совершил, были исключительно вызваны побуждениями человечности. На другой день, 30 апреля, вынесен был приговор — 5 лет каторжных работ с лишением всех прав состояния. Лопухин спокойно выслушал суровый приговор и обратился к суду с просьбой об освобождении его под залог на несколько дней, мотивируя необходимостью ликвидации целого ряда дел, ему доверенных. "Для меня каторга легче эмиграции, — сказал он, — я не убегу, тем более, что залог внесен не мною, а посторонним лицом, я не украду". По рассмотрении этого ходатайства в распорядительном заседании оно было отвергнуто.
Процесс не удовлетворил публику, так как два кардинальных пункта не были освещены в полной мере. Что Лопухин поступил преступно, нарушил тайну, которой он обладал по своему служебному положению, стоя во главе политической полиции — это не подлежало сомнению, но чтобы он действительно "примкнул" к социал-революционной партии, как говорил прокурор, чтоб он вступил в эту преступную партию — этого суд не установил и даже не осветил. Суд также не осветил и роли Азефа, не устранив подозрений, которые возбуждала его двойственная роль. Ибо, если допустить, а противное тому процесс не доказал, что Азеф, оказывая услуги политической полиции, в то же время сам организовывал террористические акты, то по крайней мере моральная вина Лопухина была бы другая. Но насколько на суде подчеркивалась активность Азефа, настолько слабо коснулись его революционной деятельности — суд как будто уклонялся от этого вопроса, боялся углубиться в него.
Дело Лопухина — Азефа осталось недостаточно выясненным. Одно было ясно, что Лопухин явился предателем, главным образом в моральном значении, проявив нравственную дряблость и моральную распущенность, упадок чувства долга и сознания ответственности. Только находясь в таком состоянии, Лопухин мог выдать служебную тайну при случайной встрече с Бурцевым в вагоне заграничного поезда. Он не мог не знать, кто такой Бурцев, и своею откровенностью он отдал себя в руки его партии. После этого "фатальная необходимость", как выразился сам Лопухин, превратила его в раба и сотрудника партии.
22 мая Сенат рассматривал апелляционную жалобу по делу Лопухина и вынес определение: изменить приговор в смысле лишения прав и ссылки на поселение. Этот приговор, конечно, более соответствовал вине Лопухина, которым не руководил злой умысел.