Необходимость реформирования полиции, статус которой почти с екатерининских времен сохранялся без существенных изменений, первым осознал П. А. Столыпин, при котором был разработан соответствующий законопроект. Но этому воспротивились губернаторы, увидевшие в нем ущемление своих прав. Их поддержал Н. А. Маклаков и отозвал законопроект из Государственной Думы. В. Ф. Джунковский решил прежде всего провести реорганизацию органов политического сыска. В своих воспоминаниях он пишет, что распри и недоразумения, возникавшие между этими учреждениями, настолько мешали делу, что оказалось возможным даже дерзкое покушение на П. А. Столыпина, приведшее к его трагической гибели.
В 1913—1914 гг. В. Ф. Джунковским была ликвидирована большая часть районных охранных отделений, часть охранных отделений была упразднена или преобразована в розыскные пункты, а руководство розыскной деятельностью на местах было сосредоточено в губернских жандармских управлениях. Одновременно он принял меры по реорганизации внутренней агентуры. Циркуляром 1 мая 1913 г. В. Ф. Джунковский запретил вербовать секретных агентов из воспитанников средних учебных заведений и потребовал постепенно избавиться от тех, кто был завербован ранее. "...Розыскным учреждениям, — указывалось в циркуляре, — надлежит прежде всего, в целях сохранения от влияния революционной пропаганды обучающихся в средних учебных заведениях, направить секретную агентуру на освещение соприкасающейся с ними среды, для чего нет надобности пользоваться услугами самих обучающихся, так как последние являются лишь объектом пропаганды и по своему развитию не в состоянии отнестись сознательно и серьезно к обязанностям секретного агента, и потому использование их в этом направлении может привести только к нежелательным явлениям" .
В связи с этим В. Ф. Джунковский касается в воспоминаниях так называемого "Витмеровского дела", нашумевшего в свое время. Суть его состояла в том, что в частной гимназии Витмера полиция арестовала группу гимназистов во время собрания ученической организации, использовав для внедрения в нее агентов-гимназистов. Дело получило широкую огласку в прессе, результатом которой стал запрос в Государственной Думе. В. Ф. Джунковский оценил действия полиции как чудовищное развращение учащейся молодежи.
С этих же позиций оценивал он и деятельность секретной агентуры среди военнослужащих в армии. К тому же, как он понял, там процветали провокация и доносы, порой ложные. Случалось, что сами агенты распространяли в воинских частях революционные прокламации, пытаясь таким путем обнаружить сочувствующих революционному движению. Такими приемами были вызваны волнения в Туркестанском военном округе в 1912 г. В. Ф. Джунковский был убежден, что борясь с провокацией, он тем самым укрепляет дисциплину в армии и ее боеспособность .
Воспоминания В. Ф. Джунковского дают представление о том, что провокация стала страшной язвой, разъедавшей не только политическую полицию и армию, но и все общество. Он подробно описывает скандальные дела Д. Г. Богрова, от руки которого погиб П. А. Столыпин, Р. В. Малиновского, Е. Н. Шорниковой и других. Пределом низости и падения считал В. Ф. Джунковский провокаторскую деятельность Е. Ф. Азефа — секретного сотрудника Департамента полиции и одного из руководителей Боевой организации эсеров. Главную ответственность за распространение таких безнравственных и вредных для безопасности государства методов розыскной работы В. Ф. Джунковский возлагал на бывшего командира Корпуса жандармов П. Г. Курлова и директора Департамента полиции С. П. Белецкого. Последнего В. Ф. Джунковский считал самой одиозной фигурой и при первой же возможности избавился от него, заменив в начале 1914 г. своим надежным сотрудником В. А. Брюн де Сент-Ипполитом. Не менее решительно он освобождался и от других чиновников полицейского ведомства, не вызывавших у него доверия и скомпрометировавших себя нечистоплотными методами работы. В то же время В. Ф. Джунковский, во избежание упреков в пристрастности, решил расстаться с полезным и близким человеком, мужем своей сестры Д. К. Гершельманом — начальником штаба Корпуса.
Своими решительными мерами В. Ф. Джунковский нажил себе множество недоброжелателей. Самым ярым его врагом стал С. П. Белецкий. Впоследствии, после отставки В. Ф. Джунковского, он вновь вернулся в Министерство внутренних дел и сразу же инспирировал издание брошюры Н. П. Тихменева, "разоблачавшего" "либеральное направление генерала Джунковского и его сочувствие освободительному движению".
Абсурдность этого обвинения, как, впрочем, и прямо противоположных утверждений, становится очевидной с первых же страниц воспоминаний. Позиция В. Ф. Джунковского, пожалуй, ближе всего к взглядам П. А. Столыпина, которого он бесконечно уважал и трагическую гибель которого глубоко переживал. Особенно ярко это проявляется в отношении к Государственной Думе, которой отводится много места и в московских, и в петербургских главах воспоминаний. В. Ф. Джунковский со стенографической точностью передает думскую полемику, одинаково не одобряя ни ультраправых, ни ультралевых. Воспроизводя пикировку В. М. Пуришкевича и Н. Е. Маркова 2-го с их постоянными оппонентами П. Н. Милюковым и Н. С. Чхеидзе или описывая противостояние Думы и правительства, он в то же время не пытается встать "над схваткой".
Монархист и консерватор, В. Ф. Джунковский видел свой долг в служении "Престолу и Отчеству" и как человек порядочный и религиозный делал для монархии и России то, что велели ему долг и совесть. При этом он часто вызывал недовольство правых, монархических кругов и выражал мысли, более подходящие оппозиции. Реформаторская деятельность В. Ф. Джунковского и встреченное им сопротивление в высших кругах государственной власти заставляют вспомнить аудиенцию у Николая II Председателя IV Государственной Думы М. В. Родзянко в декабре 1913 г. Он обвинил правительство в том, что оно "не заботится о проведении в жизнь тех реформ, которые действительно могли бы обновить устаревшие части государственного механизма", проявляет "полную инертность", что на местах это "вызывает глубокое нестроение, открывающее в перспективе тяжелые возможности повторения тех взрывов, которые омрачили печальной памяти 1905 год" 1.
Летом 1914 г. В. Ф. Джунковскому самому пришлось иметь дело с одним таким "взрывом" — крупномасштабной стачкой рабочих Бакинских нефтяных промыслов. Он был командирован в Бакинскую губернию с чрезвычайными полномочиями, дающими ему право применить военную силу для подавления стачки. В. Ф. Джунковского потрясли бесчеловечные условия работы и быта рабочих; он увидел в этом причину постоянного недовольства и будущих конфликтов. Поэтому он использовал свои полномочия для оказания давления на владельцев промыслов, призывая их хотя бы минимально улучшить эти условия, и одновременно предъявил жесткие требования бастующим, добиваясь немедленного выхода на работу. Последнее дало повод члену Государственной Думы А. Е. Бадаеву обвинить В. Ф. Джунковского в "расправе над бакинскими рабочими", но В. Ф. Джунковский отверг эти обвинения и в Думе, и, более подробно — в своих мемуарах. Главным его аргументом было то, что он не воспользовался данными ему чрезвычайными полномочиями и не прибегнул к вооруженной силе.
