Едва только потомки Ерофея утвердились в своих поместьях, началась кровавая тринадцатилетняя война с Польшей, временно утихавшая только ради борьбы со Швецией. Такая продолжительная борьба с самыми могущественными соседями потребовала со стороны России громадных затрат и страшного напряжения сил. В 1654 году, как известно, сам царь Алексей Михаилович двинулся с большою торжественностью к литовским границам и лично вел осаду Смоленска. Первые три года военные действия велись с блестящим успехом. Но с 1658 года война затянулась, и целый ряд неудач подверг тяжким испытаниям и наши военные порядки, и наши финансы, и, наконец, чуть было вновь не зашатался весь внутренний порядок государства. Наша дворянская конница старинного беспорядочного строя особенно сильно пострадала в литовских походах. Современник этой войны, желая, кажется, похвастаться перед иностранцами русскими порядками, весьма наивно выдает всю нестройность вооруженной дворянской толпы.
Продолжительность походов, недостаток в продовольстии измучили и разорили воинов-помещиков, да и регулярным полкам не успевали вовремя выдавать содержание из опустевшей казны. Никогда еще в русских войсках не падала так низко дисциплина, как в несчастный период этой польской войны (около 1661 года, после Конотопского поражения). Недостатки наших военных порядков сделались так очевидны, что реформы, и самые коренные, ожидали только смелого и решительного на опыты преобразователя.
В эту тяжелую пору постепенно подрастало молодое поколение Болотовых и в свой черед выходило на дальние походы. Опять в усадьбах появлялись вдовы-попечительницы и посылали челобитные на запустевшие участки; их сочиняли и подписывали, по их женской безграмотности, духовные отцы, священники соседнего погоста Николы Русятина. Незаметную, но прочную службу водворению внутреннего порядка в русских областях могли сослужить подобные Дарьицы, Антонидки и Афросиньи, деревенские опекунши, усердные собирательницы жалованного семейного добра; так, часто стоило только небогатому малосемейному помещику сложить свою голову на далекой украйне, как его деревни шли в разор и прах; безгосударные крестьяне, натерпевшись обид от соседей и разбойников, уходили на поиски за новым домом и новым боярином, а пашни на многие годы порастали лесом. Даже родовитость семьи, богатство, влиятельная служба вотчинника не спасали от беспорядков и даже крушения сельское хозяйство в вотчинах и поместьях при перемене владельца. Такой крупный боярин, как В. Б. Шереметев, горько жаловался царю Алексею из крымского плена: "Некто недруг мой внес в люди на Москве, что будто я, холоп твой, в неприятельских нечестивых руках в Крыме умер. И слыша то, холопы мои учинились непослушны: сынишку моему в домишку его объявилось от холопей воровство великое... И в деревнишках, которые приказаны людишкам моим, хлеб мой они покрали и мужиченков разогнали, а иных мужиченков моих роздали и распродали. Из нижегородских моих деревнишек... человек мой Бойка Корсаков многих мужиченков роздал детям боярским без записки и без очных ставок, для своей корысти поймал у них многие деньги. И на осталых мужиченков человек мой, Бойка, правил деньги, рублев по сороку и по пятидесяти, неведомо по каким варварским записям. Человек же мой, Мишка Збоев, в Арзамасской моей деревнишке в сельце Панове воровал, наругался над крестьяны, впрягал в сохи и на них пахал, и от сох крестьяне помирали. И такова поруганья над крестьяны и в нечестивой стороне бусурманского закону и злова народу не бывает...".