Тучи между тем собирались.
Вслед за изданием манифеста, в том же самом октябре, на протяжении двух-трех недель, произошли в разных местах России черносотенные погромы однородные по программе и методам, что указывало на то, что руководство исходило из одного места.
Они, несомненно, исходили из очень близких к правительственным и придворным кругам сфер. Погромы эти произошли в короткий период и более чем в 100 городах. Менее чем за месяц было убито от 3.500 до 4.000 человек, ранено и изувечено - более 10.000. При этом не щадили ни возраста, ни пола - насиловали женщин, убивали детей. Особенно ужасны были погромы в Томске, Вологде, Одессе, Твери, Киеве, Гомеле, Ростове на Дону, Кишиневе, Минске, Елизаветграде. Кое-где они превращались в еврейские погромы и в избиение интеллигенции.
Двойственность действий администрации проявилась уже в самый день 17-го октября: был объявлен манифест о политических свободах, но в тот же день произошел обстрел петербургского Технологического Института, атака Конногвардейским эскадроном уличной толпы, праздновавшей объявленные свободы; приказ генерала Трепова - "холостых выстрелов не делать, патронов не жалеть" был опубликован одновременно с либеральными распоряжениями графа Витте.
Все указывало на раздвоение власти. Кое-где местные власти требовали официального подтверждения из Петербурга манифеста, не будучи уверены в его подлинности и растерявшись перед актом, который, казалось, рвал со всем предшествовавшим. Растерянность администрации увеличивалась от того факта, что почта и телеграф 17-го утром бездействовали.
Сейчас же после 17 октября появились первые воззвания и призывы к избиению интеллигенции, начались организованные нападения на рабочих и студентов.
18-го октября в Москве градоначальник Медем разослал по московским полицейским участкам телеграмму: "Внушить всем околоточным и городовым, чтобы они в случае патриотических манифестаций не оказывали сопротивления, а наоборот содействовали охранению порядка". Эта двусмысленная телеграмма была понята, как приказ об организации патриотических черносотенных манифестаций.
Преподанная схема была такова: забастовщики, евреи, студенты идут против царя, простой народ - за него; поэтому истребление крамольников и бунтовщиков есть дело патриотическое.
Программа этих "патриотических" манифестаций всюду была одна и та же: толпа, впереди которой несли национальные флаги и царские портреты, подходила к губернаторскому дому. Губернатор иногда становился во главе шествия, направлявшегося к соборной площади, где архиерей служил молебен. В хвосте были пьяные, среди которых и раздавались крики о необходимости истребления крамольников. На второй день беспорядки начинались с утра, а на третий или четвертый быстро прекращались по объявлении запрещения всяких процессий. Среди манифестантов циркулировали слухи о том, что "евреев разрешено бить три дня", тут же распространялись списки будущих жертв погрома. Военные и политические власти бездействовали.
Вот несколько примеров. Один из первых погромов разразился 17 октября в Твери. Здание тверской губернской управы, где в этот день земская интеллигенция и служащие устроили собрание, было окружено толпой темного люда и, после нескольких неудачных попыток ворваться внутрь, осаждено и подожжено со всех сторон. Несмотря на неоднократные просьбы о помощи, обращенные к губернатору, военная сила и полиция не оказали никакой защиты, и осажденные, поневоле вынужденные покинуть горевшее здание, при выходе были жестоко избиты черносотенно настроенной толпой.
Здание управы выгорело. Судебное разбирательство, происходившее в 1908 году, подтвердило, что полиция и сыщики накануне погрома подговаривали и даже подкупом натравливали разных темных людей на "земцев" и интеллигенцию.
Такого рода погромы или избиения интеллигенции - в разных формах произошли в десятках городов, но главным образом в городах центральной России, т. е. там, где еврейский элемент составлял ничтожную часть населения.
Объектом нападения черной сотни там были главным образом - земская интеллигенция и учащиеся. В первый день по получении манифеста во многих местах устраивали демонстрации с красными флагами, а уже на следующий день, чаще всего после официального молебна и "патриотического" шествия с портретами царя, начинались избиения и разгромы.
Военные расстрелы-погромы, происшедшие сейчас же после издания манифеста, имели место в Севастополе возле тюрьмы (20 октября), в Белостоке (18 октября) и особенно в Минске (18 октября), где необычайно жестокий - даже по тогдашним временам - расстрел произошел тогда, когда народ, устроивший обычную в эти дни демонстрацию и митинг, расходился уже по домам. Стрельба по безоружному народу продолжалась около восьми минут и уже в 2 часа в местной больнице было 49 убитых и 64 раненых, всего же более 50 убитых и свыше 100 тяжело раненых; в том числе были убиты двое офицеров местного гарнизона, принимавшие участие в митинге.
В Тифлисе 21 октября, т. е. когда несколько уже стихли первые порывы народного ликования, была организована "патриотическая" манифестация, в которой участвовали главным образом войска и юнкера.
Скоро, столкнувшись с несочувственным настроением населения, манифестация перешла в полувоенный, полухулиганский разгром, от которого особенно пострадали здание гимназии (восемь гимназистов было убито, среди убитых был и восьмилетний мальчик) и редакции двух прогрессивных газет.