Скончался он от паралича сердца. Он дышал сначала очень тяжело, а потом все реже и тише, и в 5 часов утра его не стало.
"Старец великий смежил
Орлиные очи в покое..."
Когда я приехала, Дмитрий Иванович лежал уже в зале на столе, величавый и спокойный со сложенными крестом руками, и застывшее красивое лицо его, казалось, говорило: "Теперь я знаю то, что скрыто от вас еще живущих..."
Во время похорон Дмитрия Ивановича самое сильное впечатление на меня произвела эта несметная толпа народа, провожавшая его к церкви Технологического Института и после отпевания на Волково кладбище. Двигалась она сплошной темной тучей по зимним улицам города {Когда голова этой толпы была уже на Гороховой -- конец еще у Технологического.}.
Присутствие молодежи с серьезными лицами, с венками в руках и с высоко несенной таблицей периодической системы элементов -- это присутствие чуткой и прямой молодежи -- было лучшим венком и украшением на похоронах ученого, трудившегося всю жизнь для своей страны.
Колыханье венков {Их несли студенты в руках парами, в 50 пар, и колесница была доверху уложена ими.}, металлический гроб, который студенты, чередуясь, несли на руках до самой могилы, черные флаги на здании Технологического института, зажженные днем фонари и всюду народ, юноши, женщины, старики и даже детский приют -- все это оставило неизгладимое возвышенное впечатление". {Н. Я. Капустина-Губкина. Цит. соч., стр. 231--233.}
На могиле Дмитрия Ивановича, Д. П. Коновалов сказал:
"Дорогой, незабвенный учитель. От лица русских химиков я говорю тебе последнее прости. Кто из нас не испытывал чувства гордости, при мысли, что в наших рядах находится Менделеев. Поднявшись до высоты мирового гения, ты дал нам такие "Основы Химии", которые всех покорили могучим размахом научного творчества, волшебной красотою научного горизонта. В тумане невидимых атомов, ты ярко осветил стройную систему элементов. Все выдающееся, все необычайное в природе неудержимо влекло к себе твой ум. Будь ли это солнечное затмение, полярные ли льды, тайна ли происхождения нефти или, наконец, сам мировой эфир.
Стремясь проникнуть в тайны природы, ты не боялся и долгого кропотливого труда. С одинаковым упорством мысли следил ты и за расширением газов и жидкостей и за медленным качанием весов и за перемещением центра великого русского государства. Несколько поколений черпало и будет черпать научное вдохновение в твоих творениях. Скольким же ты внушил жажду научной истины, скольких ты заразил своей научной пытливостью. Великий учитель! Слава земли русской! Твои заветы не умрут. Твой дух будет всегда жив между нами и всегда будет вселять веру в светлое будущее.
Да будет легка тебе родная земля".