Для следствия над студентами была назначена особая комиссия, в которой депутатом от университета был профессор Андреевский. Следствие продолжалось месяца полтора и закончилось административным распоряжением: пятеро студентов были сосланы, тридцать два студента исключены из университета, остальные освобождены, а университет снова открыт. Но этот открытый официально университет не был уже живым организмом, — это был труп без души. Лекции хотя и начались, но их никто не посещал, и "матрикулисты" в аудитории не заглядывали; наконец и профессора перестали ходить на лекции. Возбужденное состояние молодежи тоже продолжалось, все были как-то натянуты, во всех, не только в студентах, но и в профессорах, и в университетском начальстве, чувствовалось недовольство, неудовлетворение, тревога; студенты пытались составлять сходки, были настроены враждебно, строптиво и легко переходили к неповиновению. Такой университет, конечно, не мог существовать, и 20 декабря он был закрыт окончательно до пересмотра университетского устава. Вслед за закрытием университета вместо графа Путятина был назначен министром народного просвещения А. В. Головнин.
Перед этим окончательным финалом университетской истории случилось еще одно обстоятельство, имевшее для университета, конечно, не малое значение и составлявшее предмет общих разговоров. Университет оставили лучшие его профессора: Борис Утин, Кавелин, Спасович, Пыпин и Стасюлевич. Это был, во всяком случае, гражданский подвиг, к которому очень сочувственно отнеслось общественное мнение. Причиной отставки было то, что профессора не видели никакой возможности служить с пользой университету, не имея убеждения, что новый порядок вещей, устанавливаемый графом Путятиным, принесет пользу. В это же время оставил университет и его ректор Плетнев, больше двадцати лет занимавший эту должность. Таким образом, граф Путятин, принявший университет цветущим, полным жизни, сдал его через год в виде развалин