В начале октября явилось в газетах объявление министра, которым студенты, желающие продолжать занятия в университете, приглашались взять матрикулы и прислать прошение об этом по городской почте на имя ректора; не приславшие прошений признавались оставившими университет. Распоряжение это было задумано довольно ловко и не могло не внести смуты между студентами. Было очевидно, что прошений поступит немало, и действительно из полутора тысяч студентов пятьсот обратились к ректору с просьбой о выдаче матрикул. Наступало начало конца, но конец был не простой, а с шумным финалом. В день открытия университета у дверей были поставлены сторожа, не пропускавшие никого без матрикул, но и матрикулистов явилось немного. Человек сорок — пятьдесят ходили как потерянные по коридорам, в аудитории не заглядывали, и лекций не было. То же повторилось и на другой день, и в университете царила полная пустота. Но не то было перед университетом. Здесь собралась огромная толпа студентов-матрикулистов и нематрикулистов, и не-матрикулисты, как видно, не теряли надежды одержать иерх. И действительно, их энергия и возбуждение окапались настолько заразительными, что более слабые, уже заявившие готовность подчиниться новым правилам, ощутили прилив мужества, стали рвать матрикулы и перешли на сторону непокорных. Волнение росло, и чем все это могло кончиться, предсказать было трудно. Конец волнению положила военная сила. Студентов, стоявших толпою у двери, как наиболее беспокойных, окружили тройною цепью солдат и увели на двор университета через задние ворота со стороны Малой Невы. Студенты шли, не оказывая никакого сопротивления, были веселы и даже довольны. На дворе полиция переписала имена арестованных, и затем их вывели под конвоем из ворот, чтобы вести в крепость. У ворот между тем собралась большая толпа публики и студентов, не попавших под арест. С шумом и возгласами встретила толпа арестованных, одни прощались с ними, другие с криком кидали вверх фуражки, махали платками, наконец, многие требовали, чтобы и их тоже отвели в крепость. Вся эта шумящая толпа была окружена солдатами и уведена в крепость. К сожалению, этот арест не обошелся так спокойно: солдаты, вероятно, были возбуждены, так что пустили в ход приклады, и один из публики получил удар штыком по голове до крови. Это обстоятельство комментировалось затем Петербургом на разные лады. Говорили, что солдаты были очень озлоблены, что чуть не произошла рукопашная стычка, что приклады работали довольно энергически, что одному из арестованных разбили голову прикладом. Так как этими действовавшими солдатами была рота преображенцев, то заинтересованное общественное мнение не поскупилось порицанием и чувством негодования по адресу всего Преображенского полка. Несомненно, что в прикладах и кровопролитии надобности никакой не было.
Во все время студенческой истории было арестовано человек триста, и так как для всей массы не нашлось места в Петропавловской крепости, то последнеарестованных отправили на пароходах в Кронштадт. Правительство, как видно, относилось к арестованным не строго, да и всей вообще студенческой истории не придавало серьезного значения. Студентов держали в крепости в общих камерах и не стесняли их ни в чем. Арестованные получали книги, газеты, свободно ходили из одной камеры в другую и устраивали разные развлечения: литературные вечера и даже спектакли.