Брошюра с разносом учения ("лжеучения") Л. С. Штерн вышла из печати летом 1948 года. А в мае этого года Л. С. была неожиданно вызвана к президенту АН СССР, в составе которой был ее институт, С. И. Вавилову (брату Н. И. Вавилова), сообщившему ей о решении президиума передать ее институт в Академию медицинских наук, а эта Академия тут же решила (все решения, конечно, были подготовлены заранее) передать его в Ленинград академику К. М. Быкову. Приехали его представители, упаковали аппаратуру и библиотеку, и все это в хаотическом беспорядке было отправлено в Ленинград. Каждому, даже не научному работнику-экспериментатору ясно, во что превращается аппаратура, собираемая годами и целеустремленно служащая тематической и проблемной идее, определенным научным планам и интересам — при ее демонтаже и передаче в учреждение, разрабатывающее совершенно другие проблемы. Эта аппаратура превращается в утиль, что было и в данном случае. Таким образом, передача института Л. С. Штерн в другое учреждение, по существу, была инсценировкой организованного разгрома. Такого рода "реорганизации" были формой расправы с неугодными Советскому правительству того времени не только научными институтами. Так, например, была произведена "реорганизация" Института морфологии, директором которого был академик А. И. Абрикосов, в Институт фармакологии, директором которого был назначен физиолог — некто профессор Снякин. Причина "реорганизации" — ярлык "вирховианского гнезда", наклеенный О. Б. Лепешинской на институт, из которого она должна была за несколько лет до своей "коронации" в величайшие гении уйти ввиду полного несоответствия ее лаборатории требованиям элементарной науки. "Реорганизации" подверглись не только научные учреждения, но и театры с ярко выраженной индивидуальностью художественного руководителя (театр Мейерхольда, Таирова-Коонен), журналы и пр. Такая "реорганизация" выглядела нередко так, как если бы еврейский театр был "реорганизован" в цыганский или наоборот.
Разгрому института Л. С. Штерн можно дать любую из наклеек — передача в другое ведомство, перестройка, передислокация, реорганизация и т. д., но суть остается одна: институт ликвидирован, коллектив распущен и обивает пороги различных учреждений в почти безнадежных поисках работы. Безнадежных потому, что на многих из них двойное клеймо: национальность и сотрудничество с Л. С. Штерн, фигурой уже одиозной. Для нее самой сохранили небольшой штат из четырех человек, включая ее личного секретаря. Одиозность личности Л. С.
Штерн не ограничилась ликвидацией института. Все понимали, что за этим скрываются не только и не столько научные "ошибки" академика Штерн, сколько общее отрицательное и даже враждебное отношение к ней в высших сферах Советского государства.