Вслед за финской войной началась Великая Отечественная война с боевым травматизмом в ужасающих размерах. Разумеется, и здесь была пропаганда метода борьбы с травматическим шоком путем введения противошоковой жидкости в затылочную цистерну мозга, но распространения этот метод не получил то ли ввиду его сложности и необходимости владения сложной и небезопасной при плохом владении техникой, то ли ввиду противоречивости результатов. Во всяком случае, он не встретил активной поддержки со стороны начальника Военно-медицинского управления Советской Армии Е. И. Смирнова (после войны министра здравоохранения СССР) и главного хирурга Советской Армии академика H. H. Бурденко, и их ни в коем случае нельзя упрекнуть в преднамеренном игнорировании метода, как это иногда утверждала Л. С.
Вернулся в 1943 году в Москву из временной эвакуации в 1941 году в Алма-Ату ее институт, и продолжалась настойчивая работа по внедрению метода непосредственного воздействия на нервные центры при различных заболеваниях, даже таких, как алиментарная дистрофия, и, особенно, специальных заболеваний нервной системы (вирусные и другие энцефалиты, туберкулезный менингит и др.).
Пропаганде практической эффективности метода особенно помог, как это нередко бывает не только в медицине, случай. В семье Ц. заболела туберкулезным менингитом дочь Ира, девочка 10 лет. В то время (это был 1946 год) туберкулезный менингит был абсолютно смертельной болезнью, случаев выздоровления от него не было. В диагнозе туберкулезного менингита было предсказание исхода. В США только что появился полученный ученым Ваксманом новый антибиотик, следующий за пенициллином, — стрептомицин. Этот антибиотик обладал не только широким спектром антибактериального эффекта, но специальным действием на возбудителя туберкулеза — туберкулезную палочку Коха. Он быстро вошел в клиническую практику как мощное средство лечения туберкулеза в разных его проявлениях и формах и сыграл огромную роль в успехе лечения туберкулеза. Узнав о пропагандируемом академиком Л. С. Штерн методе лечения заболеваний центральной нервной системы путем введения лекарственных веществ в непосредственный контакт с веществом мозга и его оболочек и имея сведения о только что полученном противотуберкулезном антибиотике, родители Иры обратились к Л. С. за содействием в применении ее метода для лечения девочки. Через специальные связи был быстро получен из США стрептомицин (в ту пору он был в США еще в номенклатуре "стратегических" материалов, выдаваемых в каждом отдельном случае с разрешения Конгресса США), и с помощью Л. С. началось лечение Иры введением стрептомицина в подоболочечную затылочную цистерну головного мозга. Девочка выздоровела от туберкулезного менингита, не избежав, однако, осложнения в виде глухоты, вызванной специфическим токсическим воздействием стрептомицина на слуховые нервы. Это был первый (по крайней мере, в Советском Союзе) случай выздоровления от абсолютно смертельной болезни, что воспринималось как чудо и чрезвычайно способствовало общему интересу к методу и популяризации его.
Была организована специальная конференция, в которой участники ее сообщали свои наблюдения над эффективностью метода непосредственного воздействия на центральную нервную систему при различных заболеваниях. Большинство докладчиков было из числа сотрудников Института физиологии, и это несомненно отразилось на трезвой объективности выводов о лечебной эффективности метода.
Здесь не было заведомой недобросовестности (в этом никого из выступавших упрекнуть нельзя), но была, с одной стороны, увлеченность идеей и ее практическим воплощением, с другой стороны, — недостаточная компетенция физиолога-экспериментатора в клинической патологии болезни при ее естественном течении и при изменении под влиянием того или иного метода лечения. Много подобных ошибок знает история медицины, когда автор какого-либо лечебного метода, разработанного им в экспериментальной физиологической, бактериологической или другой лаборатории, сам хочет дать оценку его эффективности в практике лечебной медицины, т. е. при испытании на больном человеке. Болезнь — сложный процесс, имеющий свои законы развития, т. е. возникновения, течения и исхода. Эти законы может знать только врач-клиницист, конкретное воплощение их он видит каждый день своей деятельности; он ими управляет и направляет в необходимую для излечения сторону, и только он может быть объективным и должен быть беспристрастным судьей в лечебной ценности того или иного воздействия. История медицины знает обилие конфликтов, возникавших между автором лечебного метода и испытателями его в клинической лечебной практике. Ряд таких конфликтов возник между Л. С., как автором метода, и между клиницистами, испытывавшими его в лечебной практике. В ту эпоху любое событие, независимо от его содержания и действительного значения, могло приобрести политическое звучание, нередко с роковым финалом для источника едва слышимого звука, усиленного соответствующими органами до громоподобности атомного взрыва.