Первую половину сентября государь провел на яхте в шхерах, благодаря чему у меня было меньше разъездов. В это время ко мне явилась депутация от Военно-медицинской академии, состоявшая из ее начальника, Таренецкого, и четырех профессоров, с просьбой о даровании Академии такой же автономии, какую уже получили высшие учебные заведения гражданских ведомств, объясняя это тем, что студенты Академии волнуются и требуют приравнения Академии к другим высшим учебным заведениям. Отказом в их просьбе я вызвал бы немедленно беспорядки и прекращение занятий в Академии; с другой стороны, я знал, что государь не допустит и мысли об автономии и введении выборного начала в каком-либо заведении военного ведомства. Я решил выгадать время. Поручив Конференции Академии разработать вопрос об автономии, я предоставил себе посмотреть во что это выльется и предупредил, что если Академия при этом выйдет из рук, то я ее передам в Министерство народного просвещения.
Государю я тотчас послал в шхеры собственноручную записку о данном Конференции поручении и мотивах его. По возвращении из шхер он мне сказал, что я хорошо сделал, предупредив его; а то он, прочтя в газетах, что военный министр хочет дать Академии автономию, подумал бы, что тот с ума сошел!
Вообще, Военно-медицинская академия была любимым детищем всех военных министров и тяжелой для них обузой. Несмотря на бедность военного ведомства, для Академии все же находились средства на постройку новых клиник и на многочисленные стипендии студентам. Военное министерство гордилось блестящим состоянием Академии и научной ее славой и старалось поддерживать и то и другое. Вместе с тем, Академия доставляла много забот и хлопот. Студенты ее состояли из тех же элементов, как и студенты других высших учебных заведений столицы; понятно, что вопросы, волновавшие одних, волновали и других; беспорядки, возникавшие в других высших учебных заведениях, легко переходили и в Академию, хотя бы в силу чувства товарищества между студентами разных заведений. Все это было вполне понятно и естественно; но Академия состояла в военном ведомстве, которое не могло допускать беспорядков в своем заведении ив результате противоречивых условий получалась многолетняя, но безуспешная борьба за введение среди студентов Академии чего-то похожего на воинский порядок и дисциплину!
Уже в начале 1905 года студенты Академии прекратили занятия, в сентябре они возобновились, но в Академии происходил целый ряд сходок, на которых принимались резолюции политического характера. Сходки происходили в студенческой столовой, которой также пользовались для устройства в ней склада нелегальной литературы; поэтому временно пришлось закрыть столовую, а в конце года - закрыть Академию. Мера эта была крайне тяжелой и нежелательной, так как в армии был большой недостаток во врачах, да и среди самих студентов было много таких, которые искренне желали заниматься.
Законопроект об автономии Академии был готов к весне; он был внесен в Военный совет, который его целиком отклонил. Тем не менее, я лично принял его к руководству: представил Конференции, по смерти Таренецкого, рекомендовать мне кандидата в начальники Академии, а также выбор новых профессоров. Благодаря этому я привлек Конференцию на свою сторону в борьбе с увлечениями студентов. В отношении Академии я отказался еще от права замещать по своему усмотрению ежегодно двадцать студенческих вакансий;
я предложил весь прием студентов делать по закону, по старшинству баллов, делая нужные изъятия только по ходатайству Конференции. В первый год это вызвало массу неудовольствия со стороны бесчисленных ходатаев за юношей, желавших попасть в Академию, невзирая на слабые баллы; они ни за что не хотели понять, что я не хочу проявлять "усмотрение" при приеме и остаюсь глух к их просьбам; на второй год таких просьб уже было меньше, а потом они уже стали одиночными; все они передавались в Конференцию.