30 января 1912 года Бейлису, находившемуся в тюрьме, была вручена копия обвинительного заключения, и впервые к нему был допущен защитник. Однако, процесс, назначенный к слушанию на 17 мая 1912 года, был перенесен на осень 1912 года, до окончания выборов в IV Государственную Думу по Киевской губернии.
А 30-31 мая 1912 года сотрудник «Киевской мысли» С.И. Бразуль-Бружковский опубликовал в этой газете статью, где на основе частного расследования, которое он проводил вместе с бывшим начальником сыскной полиции Киева Красовским, доказывалось, что убийство Ющинского было совершено членами воровской шайки в квартире Веры Чеберяк и при ее участии. Грабители боялись того, что Ющинский донесет на них в полицию, и поспешили избавиться от него.
Статья С.И. Бразуль-Бружковского прозвучала на всю Россию. Но она только подстрекнула правительство приложить все усилия для осуждения Бейлиса и «еврейского всемирного кагала».
Разоблачения Бразуль-Бружковского были настолько серьезны и обоснованы, что Киевская Судебная Палата была вынуждена 21 июня направить дело Бейлиса на доследование.
3 июля Вера Чеберяк и ее дружки подали прокурору Киевского окружного суда жалобу с просьбой привлечь к суду за клевету в печати сотрудника газеты «Киевская мысль» Бразуль-Бружковского и сотрудника газеты «Киевлянин» М. И. Трифонова, Киевская окружная прокуратура немедленно удовлетворила жалобу Чеберяк и привлекла указанных ею лиц к суду, отложив сам суд на неопределенное время. Авторы статей были оправданы после позорного провала процесса Бейлиса.
Доследование дела Бейлиса тянулось около года. С судом не спешили. В октябре 1912 года состоялись выборы в IV Государственную Думу, которые прошли в Киеве в обстановке разнузданной антисемитской агитации и призывов к погромам. Вспыхнувшая в это время Первая Балканская война против Турции вызвала широкую волну славянской солидарности и шовинизма и известное поправение в либеральных кругах. Патриотические статьи в защиту славян в Киевских газетах, в особенности в «Киевлянине», сбор пожертвований на подарки раненым и так далее – все это шло под идейным влиянием профессора славяноведения Киевского университета Т.С. Флоринского, ярого националиста и шовиниста. Его сын «Микочка» учился в нашем классе, в первом отделении. Студент Голубев, завсегдатай дома Флоринских, в газете своей организации «Двуглавый Орел» высказывал крайние шовинистические взгляды.
Победы Балканских союзников над Турцией вызвали всеобщее ликование. Монархисты торжествовали.
Эти события заслонили собой дело Бейлиса, и подготовка к процессу шла очень медленно. Только 24 мая 1913 года Киевская Судебная Палата утвердила окончательное, обвинительное заключение против Бейлиса. Начало процесса было назначено на 25 сентября 1913 года.