Этлиса судили в мае и приговорили к высшей мере. Сутки он провел в башне смертников рязанской тюрьмы, после чего ему объявили, что расстрел ему заменен на двадцать лет лагерей.
Свой срок Мирон отбывал в Карагандинских лагерях. Солженицын в своей книге “200 лет вместе” в качестве примера того, как евреи в лагерях устраивались придурками на теплые места, приводит Этлиса, якобы работавшего в лагерной санчасти. Это умышленная ложь: Мирон находился на тяжелых работах. Правда, лагеря были уже не сталинскими, и ходили слухи о возможных реабилитациях и освобождениях. По вечерам Мирон забирался на верхние нары поближе к лампочке и штудировал медицинские учебники в надежде когда-нибудь окончить институт. Помог ему Его Величество Случай.
Начальник лагеря (или его заместитель) заболел фурункулезом, и никакие лекарства не могли избавить его от прыщей. Мирон еще в институте серьезно занимался гипнозом, и предложил начальнику попробовать этот способ лечения. Опыт удался. Взамен Мирон получил право выхода за зону, право, которым пользовались некоторые категории заключенных (шоферы, подсобные рабочие и пр.). В первый же раз, выйдя после работы за ворота лагеря, он забрался в товарный вагон, утром приехал в Караганду, явился к начальнику Главного управления Карагандинских лагерей, представился как заключенный номер такой-то и, сославшись на существующую инструкцию, просил разрешить ему сдавать экзамены в медицинском институте. Начальник, гэбэшник уже новой формации — с университетским значком на пиджаке, — удивился и велел принести инструкцию, в которой действительно говорилось, что заключенные в лагерях могут проходить профессиональное обучение. После долгих хождений по инстанциям разрешение было получено.
Когда в 1956 году Мирон Этлис возвращался в Москву, он по дороге заехал в Караганду, чтобы получить диплом об окончании Карагандинского медицинского института.