Наступило роковое лето сорок первого. Началась война. Сопротивления за город практически не было. Части Красной Армии заблаговременно отступили за реку Березину и там заняли оборону. Немцы беспрепятственно ворвались в город. Так как сопротивления практически не было, Бобруйск в 41-м пострадал минимально по сравнению с другими городами республики. Пришёл оккупационный режим. Фашисты начали поголовно уничтожать евреев. Они сгоняли их в гетто, а затем партиями отправляли в пригородную Каменку и расстреливали. Фашисты зачастую пользовались в этих преступлениях помощью местного населения. От этого факта не уйти. Антисемитски настроенные люди, обманутые фашистской пропагандой, выдавали своих соседей. Но главную же роль в помощи оккупантам играли полицаи. Эти выродки принимали участие в различных акциях и расстрелах.
Преступны были действия фашистов и их пособников не только к еврейскому населению, но и к военнопленным. В крепости содержались десятки тысяч военнопленных. В ней и других местах города временами находилось до 60-ти тысяч военнопленных. Только седьмого ноября сорок первого года фашисты заперли в крупное здание крепости группу пленных и подожгли его. От этого пожара погибло в одну ночь около двух тысяч человек. Это только единичный случай. От холода и голода погибли десятки тысяч пленных.
Летом сорок четвёртого Бобруйск был освобождён. Началось восстановление города. Заработал лесокомбинат и другие предприятия. Бывшие довоенные артели преобразовывались в государственные предприятия. Из крупных предприятий поэтапно со сменами профилей строили резинотехнический завод.