После 36 дней войны, показавших непригодность предвоенной структуры тыла, ГКО 28 июля 1941 г. принял постановление о реорганизации системы управления тылом и создании новой структуры тыла сверху донизу. Приказом Сталина как наркома обороны от 1 августа 1941 г. было образовано Главное управление тыла Красной Армии. В него входили: штаб начальника Тыла, Управление военных сообщений, Автодорожное управление, Главное интендантское управление, Управление снабжения горючим, Военно-санитарное управление и Ветеринарное управление.
Начальником Тыла и замнаркома обороны стал Хрулев.
Создание полноправных органов управления тыла Красной Армии имело огромное значение. Стало возможным установить стройную систему снабжения войск, оперативно решать вопросы перевозок, рационально используя транспорт, организовать очередность эвакуации раненых, создавать базы и склады, распределять между фронтами районы для заготовок, обеспечить охрану тыловых районов.
Однако далеко не все военачальники, назначенные на должности начальников тылов фронтов, проявили интерес к этой работе, некоторые всячески стремились от нее избавиться.
Да и не все наши полководцы ладили с тыловиками. Это и понятно, потому что потребности фронта долгое время не могли удовлетворяться сполна. Был случай, когда Антипенко, в прошлом боевой генерал, пришел ко мне в крайне возбужденном состоянии. «Отпустите меня на фронт, Анастас Иванович, не могу больше работать в тылу». — «В чем дело? — спросил я. — Разве вы не понимаете, какую важную роль играете именно здесь и именно для фронта?» Оказалось, ему позвонил маршал Жуков, требуя артиллерийские снаряды сверх отведенной его фронту квоты. В ходе спора Жуков вспылил и обозвал Антипенко «тыловой крысой». Тогда я позвонил Жукову по ВЧ и очень строго сказал: «Товарищ Жуков, вы должны знать, что распределение артбоеприпасов по фронтам утверждаю я в качестве члена ГКО. Если вы чем-то недовольны, можете звонить мне. А звонить моим подчиненным, чтобы оскорблять их, вы не имеете права. Надеюсь, это больше не повторится». Жуков ответил, что он, конечно, погорячился, причиной чему была острая потребность его артиллерии в дополнительном боезапасе, но что в будущем учтет это мое замечание.