«Во второй половине ноября, - писал незадолго до своей смерти Протопопов, - начало выкристаллизовываться рабочее движение. То там, то тут в разных районах города вспыхивали стачки… Мы были вынуждены разработать план для подавления рабочего движения на случай, если оно начнет распространяться и приобретать насильственный характер». В качестве первого шага в этом направлении он обратился к градоначальнику Петрограда генералу Балки, попросив его доложить обстановку в городе. К своему удивлению, Протопопов узнал об учреждении военной комиссии во главе с генералом Хабаловым, в которую входили представители Департамента полиции, для разработки планов совместных действий армии и полицейских подразделений на случай беспорядков в столице. И хотя аппарат градоначальника находился в подчинении министерства внутренних дел, сам министр не имел ни малейшего представления о происходящих событиях. И пока министр внутренних дел усиливал кампанию борьбы против земских и городских союзов, а также против кооперативных и общественных организаций, для оказания помощи полиции разрабатывался детальный план о вводе в город вооруженных пулеметами подразделений. С другой стороны, Департамент полиции почти открыто поддерживал пропаганду большевистских пораженческих организаций, которые провоцировали рабочих на забастовки. После назначения 1 января 1917 года И. Г. Щегловитова на пост председателя Государственного совета Протопопов неприкрыто занял в отношении Думы непримиримую позицию.
Совершенно очевидно, что второй пункт записки, составленной в кружке Римского-Корсакова, выражал политику самого царя, главным инструментом которой был Протопопов. Еще раз подчеркиваю, что то была политика лично царя, а не правительства как такового. Против линии, которую проводил в жизнь полупомешанный Протопопов, выступали все члены Совета министров, включая его председателя князя Н. Д. Голицына, и все они стремились сохранить если не дружественные, то надлежащие отношения с Думой и гражданскими организациями, работавшими на оборону. Стремясь избежать прямого столкновения между Протопоповым и Думой, князь Голицын перенес открытие сессии Думы с января на февраль и трижды, по разным случаям, обращался к царю с настойчивой просьбой о смещении Протопопова. Он подчеркивал «полную его неосведомленность в делах министерства и незнакомство с очень сложной машиной министерства внутренних дел…», что «он вреден и не сознает того положения, которое он создал».[Падение царского режима. Ленинград, 1925. Т. 2. С. 253-254.] Царь неоднократно давал уклончивый ответ, однако под давлением Голицына в конце концов заявил: «Я долго думал и решил, что пока я его увольнять не буду».[Там же. С. 254.]
На первый взгляд нерешительность царя в отношении Протопопова противоречит его более раннему намерению назначить на его место Маклакова. Единственным логическим объяснением такой позиции является то, что после смерти Распутина царь видел в Протопопове «безвредного» деятеля, неспособного в силу этой своей безвредности вести дело к сепаратному миру. И хотя император, должно быть, полностью отдавал себе отчет в том, что Щегловитов и Протопопов - сторонники именно такого курса, это не очень беспокоило его, коль скоро оба они, действуя в рамках его Великого предназначения, по-прежнему выступали как против Думы, так и против всех гражданских организаций.