Уже в 1953 г. у В.Г. Кузнецовой начались серьезные проблемы со здоровьем, связанные с функциональным расстройством, а затем и органическим поражением центральной нервной системы. В.Г. Кузнецова вынуждена была длительное время находиться на больничном, работать она практически не могла. Л.В. Хомич, поступившая работать в сектор Сибири в 1956 г. на место В.Г. Кузнецовой, говорила, что сектор в течение трех лет удерживал штатную единицу за Варварой Кузнецовой.
В 1956 г. Президиум Академии наук не разрешил дольше держать ставку и предложил найти другого сотрудника (это и была Л.В. Хомич). 6 сентября 1956 г. в связи с длительной болезнью В.Г. Кузнецова была уволена из Института.
Умерла В.Г. Кузнецова в конце 1960-х годов.
В.Г. Кузнецова была награждена медалью «За оборону Ленинграда» и медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».
С 1927 г. по 1942 г. В.Г. Кузнецова состояла членом ВЛКСМ. В сентябре 1944 г. была принята кандидатом в члены ВКП(б), с 1946 г. — член ВКП(б).