В годы Великой Отечественной войны Варвара Григорьевна оставалась в Ленинграде. Вместе с другими сотрудниками музея она подготовила к эвакуации наиболее ценные коллекции, с первых дней войны стала бойцом пожарного отделения и пожарной команды, защищавшей музей. В 1941 г. в результате бомбовых ударов здание музея было сильно разрушено: рухнула часть перекрытий и стен, пострадали залы музея и его фондохранилище. В момент попадания бомбы в здание ГМЭ 5 декабря 1941 г. В.Г. Кузнецова была контужена. Участвовала она и в оборонительных работах города: в Шимске, Погорелье, Большом Кузьмино-Детском селе, Обухове.
Пережить блокаду помог случай в лице ее соседа по коммунальной квартире, некоего Ильи Михайловича, «начальника госпиталей блокадного Ленинграда», которого В.Г. Кузнецова упоминает в своих экспедиционных дневниках. Как следует из дневниковых записей, Илья Михайлович устроил ее на должность диетсестры в госпитале № 78. Вероятно, это был эвакогоспиталь, развернутый в стенах Государственного института для усовершенствования врачей (ГИДУВ), поскольку в трудовой книжке В.Г. Кузнецовой имеется соответствующая запись о том, что с 20 января 1942 г. местом ее работы была именно эта организация. В госпитале она и проработала практически до конца блокады: с 20 января 1942 г. по март 1944 г.