В 1895 г. разразились студенческие волнения во всех университетах и других высших учебных заведениях. Пароль был дан: требование отмены университетского устава 1884 г. и восстановление устава 1863 г., допущения в университеты женщин, отмены инспекции и т. д. На одной сходке полиция арестовала весь состав Союзного совета; в захваченных при этом бумагах были найдены указания на то, что Совет входит в сношения с П.Н. Милюковым, который был тогда приват-доцентом, и Милюков был выслан из Москвы в Рязань. На рязанском вокзале проводить Милюкова собралась несметная толпа студентов и прочей публики. Через некоторое время Милюков получил приглашение занять кафедру истории в Софии, освободившуюся за смертью Драгоманова, и уехал в Болгарию.
Между тем Союзный совет восстановился в новом составе и немедленно приступил к организации новых студенческих волнений. Весь 1896 г. прошел в непрерывных университетских волнениях. Поводы для них избирались различные. То протест против назначения на медицинскую кафедру в Москве одного ассистента, не пользовавшегося уважением студентов и добившегося назначения происками и угодничеством; то — новые требования отмены университетского устава 1884 г., то — устройство манифестаций по случаю полугодового дня катастрофы на Ходынском поле (эта страшная катастрофа разразилась в мае 1896 г. во время коронации Николая II: на Ходынском поле были устроены народные увеселения и раздача подарков и вследствие нераспорядительности полиции произошла в несметной толпе давка с большим количеством человеческих жертв) и так далее. За всеми этими поводами скрывалась, однако, чисто политическая цель: использовать легкую возбудимость молодежи для устройства противоправительственных манифестаций в надежде, что это послужит первым толчком для оживления революционного движения в стране. В одном из воззваний, выпущенных Союзным советом, прямо было сказано, что Совет ставит себе главной целью подготовку политических борцов из среды студенчества. В ноябре 1896 г. Союзный совет в новом своем составе опять был арестован, а затем последовали дальнейшие аресты, несколько сот студентов из Московского университета были исключены, и некоторое количество было подвергнуто высылке. После этого около двух лет университетская жизнь с грехом пополам катилась по обычному руслу. Но с началом 1899 г. университетские волнения вспыхнули с новой силой. Началось с беспорядков, происшедших 8 февраля на акте Петербургского университета. И тотчас по всем университетским городам пошли студенческие забастовки. Ученье совсем прекратилось. Тогда на бывшего военного министра Банковского было возложено расследование причин и хода событий, связанных с студенческими волнениями. Производя это расследование, Ванновский приехал и в Москву. В университете он принял профессоров среди пустых аудиторий. Ключевский потом говорил мне: "Ни от одного министра народного просвещения я еще не слышал такого умного слова, какое сказал нам этот старый генерал. Он сказал профессорам: а вы, господа, не удручайтесь, ведь кроме преподавания, которое теперь прервалось, у вас есть еще и другое занятие: научные исследования". Занятия так и не возобновились до конца учебного года. Ванновский кончил расследование к маю 1899 г., и на основании представленного им государю доклада государь объявил неудовольствие университетским начальствам и учебному персоналу высших учебных заведений за то, что ими не было проявлено должного авторитета, а чинам полиции поставлены на вид их неумелые и несоответственные распоряжения и высказано сожаление по поводу того, что местное общество нигде не только не содействовало властям в умиротворении молодежи, но, наоборот, одобряло волнующихся студентов и вмешивалось в сферу правительственных распоряжений.
Снова наступил некоторый перерыв в студенческих волнениях, и снова ненадолго. Впереди еще предстояли большие осложнения в этой области.