Помимо деятельности по созданию подводного флота в обход международных обязательств Дениц принимал участие в планировании, развязывании и ведении агрессивной войны против Польши, Норвегии и Дании. Гитлер почти непрерывно консультировался с ним, а за время войны они совещались по морским вопросам около 120 раз.
В сентябре 1939 года германский подводный флот начал вести неограниченную подводную войну в отношении всех торговых судов – как вражеских, так и нейтральных. Жестокость этой войны заметно возрастала “сообразно изменению хода военных событий”. Суда топились без предупреждения, не давая возможности командам покинуть на спасательных средствах обреченное судно с грузом.
Трудно найти европейскую или заокеанскую страну, где бы вдовы или родители не носили траур по морякам торгового флота, погибшим в результате безграничной жестокости этого человека.
Только в марте 1943 года германские субмарины потопили 120 кораблей союзников общим водоизмещением 623 тысячи тонн, за что Гитлер удостоил Деница Рыцарского креста с дубовыми листьями. Однако в целом действия подводного флота Германии становились все менее удачными, и потери превысили их производство. В мае 1943 года Дениц был вынужден вывести подводные лодки из Атлантики, что вызвало гнев Гитлера. К осени 1943 года на каждое торпедированное грузовое судно приходилась одна потопленная подводная лодка. Дениц записал в своем дневнике: “Противник с помощью дальней авиации покрывает все районы и использует способы обнаружения, к которым мы не готовы. Противнику известны все наши намерения, а мы ничего не знаем об их планах!”
С 1939 по 1945 год из 820 подводных лодок, участвовавших в “битве за Атлантику”, 781 погибла, а многие из оставшихся были повреждены.
Кроме того, Дениц был ярым сторонником использования принудительного рабского труда заключенных концентрационных лагерей для нужд войны. Именно он обратился к Гитлеру в 1944 году с просьбой о выделении 12 тысяч заключенных для работы в доках в качестве вспомогательной рабочей силы.
Жестокая кровопролитная война, развязанная нацистами, не обошла стороной и семью Деница, одного из активнейших проводников этой авантюристической политики: погибли два его сына – офицеры-подводники Питер и Клаус. Питер, который служил вахтенным офицером на подводной лодке, погиб в начале войны, а Клаус – позже. Только его дочь Урсула, выйдя замуж за командира подводной лодки Гюнтера Хесслера, осталась в живых. Во время войны Хесслер был награжден “Рыцарским крестом”, получив награду из рук тестя, а затем работал в личном штабе Деница.
Назначенный Гитлером своим преемником, Дениц, предвидя неизбежный крах третьего рейха и как следствие скорое окончание войны, предпринимал отчаянные усилия, чтобы обеспечить возможность как можно большему числу немцев сдаться в плен англичанам и американцам, а не русским.
Командованием военно-морского флота был предусмотрен также секретный план затопления подводного флота после окончания войны под кодовым названием “Радуга”, но Дениц не решился ввести его в действие. Однако некоторые офицеры-подводники, обеспокоенные тем, что их субмарины могут оказаться в руках противника, обратились к экипажам всех подводных лодок с этим паролем. В результате экипажами была затоплена 231 подводная лодка.
23 мая 1945 года новый глава государства был взят в плен союзниками и вместе с другими нацистскими лидерами предстал перед Международным Военным Трибуналом.
На суде он пытался доказать, что не имеет к нацистским преступлениям никакого отношения. Он яростно отстаивал свою правоту и доказывал справедливость применявшейся им тактики подводной войны. Дениц явно испытал удовлетворение, когда его адвокат предъявил суду заявление главнокомандующего Тихоокеанским флотом Нимица, в котором американский адмирал свидетельствовал, что придерживался тех же принципов использования подводных лодок, что и командование военно-морским флотом Германии.