Тем временем, уже 1 января 1920 г. (приказ об этом Жанена последовал только 5 января) ЧСА поспешила взять Колчака и поезд с российским золотым запасом "под свою охрану". 4 января А. В. Колчак назначил своим преемником ген. Деникина, а "всю полноту военной и гражданской власти на всей территории Российской восточной окраины" передал атаману Семенову, произведя его в генерал-лейтенанты. Г. М. Семенов стал, таким образом, верховным главнокомандующим и формальным главой Белого движения в Сибири и на Дальнем Востоке.
Вечером того же 4 января в Иркутске произошел переворот, в результате которого 5 января власть в городе формально перешла к т. н. Политцентру, а фактически — к рабоче-крестьянским дружинам, руководимым Иркутским губкомом РКП(б).
По предложению Жанена Колчак согласился перейти в отдельный вагон, на окнах которого были укреплены 5 союзных флагов — американский, английский, французский, японский и чешский, означавшие, что адмирал находится под защитой пяти держав. Вагоны Колчака и Пепеляева были прицеплены к эшелону 1-го батальона 6-го чешского полка и вместе с ним в ночь с 8 на 9 января двинулись на восток — к Иркутску. Поезд шел до станции Зима с большими остановками.
Ввиду явной опасности, которой грозила ситуация, А. В. Колчаку предлагались варианты спасения: бежать под видом солдата, покинуть чешский эшелон и уйти в Монголию, но он отказался, считая своим долгом до конца оставаться на посту.
Утром 15 января эшелон прибыл в Иркутск, к этому времени уже покинутый союзниками. Здесь заранее, согласно директиве Жанена и по сговору чехословацкого представителя в Иркутске с Политцентром, вопрос о выдаче чехами Колчака Политцентру был решен. Торг шел только из-за судьбы "золотого эшелона" и разрешился в конечном счете тем, что в качестве цены за свое свободное продвижение на восток чехи оставили золото в Иркутске — 366 млн. золотых рублей (из бывших с Колчаком 408), т. е. еще выторговали себе за предательство 42 миллиона рублей золотом.
Арест Колчака и Пепеляева произошел прямо на вокзале — в присутствии чехословацких, а также японских войск. Местным властям Колчака передал чешский офицер Боровичка. Когда Колчаку сообщили о передаче, он воскликнул: "Как, неужели союзники меня предают? Где же гарантии генерала Жанена?.."
21 января началось следствие, отраженное в неполном и фальсифицированном виде в книге "Допрос Колчака". Но 21 января власть Политцентра пала и на смену ему пришел Иркутский Военно-революционный комитет (далее ВРК), руководимый большевиками, — с иркутской губчека и прочими атрибутами советской власти. Допросы продолжались.