Его успехи в науке, организационные способности, блестящая защита диссертации в 1959 году, ее публикация в виде книги позволяли надеяться, что он будет оставлен в МГУ в качестве научного сотрудника. Но у него не было ни квартиры, ни прописки в Москве, и это вынудило уехать в провинцию — сначала в Казань, заведовать кафедрой всеобщей истории, а затем в Томск, где возглавлял кафедру древней истории и средних веков, но вскоре стал ректором этого крупного университета, где проработал до конца шестидесятых годов. Там он проявил себя как блестящий организатор, оставивший большой и добрый след в истории Томского университета, пользовался в Томске вообще большим уважением и любовью.
Однако его собственная научная карьера во многом пострадала и из-за отрыва от Москвы, и из-за занятости организаторской работой. Обстоятельства сложились так, что ему пришлось ограничить свои занятия историографическими исследованиями, оставив собственно исторические. Но дело это он поставил на широкую ногу, создал в Томском университете центр по изучению историографии и методологии истории, начал издавать ежегодник, приобретший всесоюзное значение. Вокруг него образовалась целая школа специалистов-историографов, существующая до сих пор.
В эти годы и в Томске, и в Москве А.И.Данилов стал заметным человеком, с которым считались. Его историографические работы, как и работы его учеников, отличались большой глубиной, серьезностью, тонкостью анализа. Чем дальше, тем больше он и его ученики отходили от стереотипов огульного осуждения всего, что делалось в буржуазной историографии, хотя, конечно, и для него и для них (как, впрочем, и для всех наших историков) аксиомой оставалась мысль, что историки-немарксисты, как бы ни были талантливы, все равно в своих выводах и обобщениях стоят ниже марксистской историографии. Тогда такое отношение было нормой, и не мне упрекать Александра Ивановича за это.
В годы пребывания А.И.Данилова в Томске мы, как ни странно, сдружились с ним теснее. Когда он приезжал в Москву, а это бывало довольно часто, мы обычно встречались, обсуждали возникавшие тогда научные проблемы. Нередко он заезжал ко мне домой — веселый, красивый, оживленный, всегда с коробкой конфет для меня и бутылкой коньяка для Эльбруса, с которым я его познакомила. Умный и проницательный человек, Александр Иванович многое понимал в окружающей нас жизни, хотя в своих оценках был крайне осторожен. В то время мы с ним работали над новым учебником по истории средних веков для вузов, к чему я привлекла его после смерти Н.А.Сидоровой. Во время его приездов в Москву мы часто обсуждали содержание глав этого учебника, его структуру.