На первом после интронизации заседании Собора был объявлен указ Патриарха о возведении в сан митрополита следующих лиц: Антония архиепископа Харьковского, Арсения архиепископа Новгородского, Агафангела архиепископа Ярославского, Сергия архиепископа Владимирского и Иакова архиепископа Казанского. Появление пяти белых клобуков дало повод архиепископу Тверскому Серафиму к насмешливому замечанию: "Какой урожай белых грибов!.."
Первое время после интронизации Патриарх на Соборе не появлялся. Председательствовал митрополит Арсений [1], который и провел Собор до конца его существования. Работы возобновились в комиссиях и в общем собрании. Но вот как-то раз, словно ясное солнышко, — появился на Соборе Патриарх… С каким благоговейным трепетом все его встречали! Все — не исключая левых профессоров, которые еще недавно так убедительно высказывались против патриаршества… Когда, при пении тропаря и в преднесении патриаршего креста, Патриарх вошел — все опустились на колени. Патриарх проследовал прямо в алтарь, вышел в мантии, приветствовал Собор и, после молебна благословив всех, отбыл.
Это посещение — высшая точка, которой духовно достиг Собор за первую сессию своего существования. В эти минуты уже не было прежних не согласных между собой и чуждых друг другу членов Собора, а были святые, праведные люди, овеянные Духом Святым, готовые исполнять Его веления… И некоторые из нас в тот день поняли, что в реальности значат слова "Днесь благодать Святого Духа нас собра…".
Ближайшей задачей Собора было обсудить организацию Патриаршего управления. Вскоре она была реализована. Для канонических и богослужебных, т. е. чисто церковных, дел был создан Патриарший Священный Синод. Для церковно-административных дел — Высший Церковный Совет. Председательствовать тут и там должен был Патриарх. Одновременно определили и круг дел, подведомственный каждому из этих учреждений, причем для дел главных они должны были объединяться в соединенном заседании. Иерархи в члены Синода назначались на один год: 6 архиереев — один от каждого из 6 округов [2] (старейший архиерей каждого округа) и 6 архиереев, выборных от Собора. В члены Синода были выбраны Собором следующие 6 архиереев:
1) митрополит Новгородский Арсений,
2) митрополит Харьковский Антоний,
3) митрополит Платон, бывший Экзарх Грузии, а потом митрополит Американский,
4) митрополит Владимирский Сергий (впоследствии Патриарх Московский и всея Руси),
5) архиепископ Кишиневский Анастасий,
6) архиепископ Волынский Евлогий.