Практически одновременно с баталиями «газовой войны» в январе 2009 года проходили важные для России, Украины, Белоруссии и Молдавии события по приготовлению к избранию нового Патриарха Русской православной церкви, правопреемника умершего в декабре 2008 года Патриарха Московского и всея Руси Алексея.
15 января 2009 года завершилось выдвижение делегатов на поместный собор от епархий и иных структур. 17 января 2009 года в Киево-Печерской Лавре состоялось предсоборное совещании делегатов УПЦ на Поместный Собор РПЦ.
25— 26 января 2009 года, состоялся Архиерейского Собора, на котором высшие церковные руководители, архиереи, определили кандидатов на патриарший престол. В Соборе приняли участие 198 из 202 архиереев Русской православной церкви, выдвинувшие, на первом заседании, трех кандидатов:
Митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла (97 голосов); митрополита Калужского и Боровского Климента(32 голоса); митрополита Минского и Слуцкого Филарета (16 голосов).
27 января состоялось первое заседание Поместного собора.
Из 711 делегатов собора было 72 женщины. Многие участники собора были граждане иных, нежели Россия государств. Граждан РФ было менее 50% Большинство членов собора епископы и другие служители церкви. Но были и миряне, чуть меньше четверти всех участников.
На первом пленарном заседании Митрополит Кирилл зачитал доклад о состоянии Русской православной церкви за годы патриаршества Алексия II.
На втором пленарном заседании выступил митрополит Киевский и всея Украины Владимир, рассказавший о современном состоянии Украинской церкви. Также он сообщил, что отдаст на выборах свой голос за кандидатуру митрополита Кирилла. Выступивший за ним митрополит Филарет снял свою кандидатуру с голосования, попросив присутствующих голосовать за Кирилла.
На третьем пленарном заседании, участники Собора приступили к избранию Патриарха Московского и всея Руси.
К 22 часам были оглашены официальные результаты голосования. Митрополит Кирилл, набрав 508 голосов из 677, был избран шестнадцатым Патриархом Московским и всея Руси.