7-го октября американские войска с союзниками начали операцию в Афганистане в рамках «Войны против терроризма». 7 декабря пал последний оплот талибов – Кандагар, взятый войсками международного альянса. Правительство «Талибана» в Афганистане было свергнуто. На Боннской конференции афганских политических деятелей во главе переходной администрации Афганистана был поставлен Хамид Карзай.
И в те же дни, когда США создавали международный альянс, направленный против международных террористов, Путин посылал недвусмысленные сигналы Соединённым Штатам, что он готов к сотрудничеству с Америкой закрывая заграничные базы РФ, доставшиеся ей от Советского Союза.
17 октября Владимир Путин объявил о закрытии с 1 января 2002 года российской военно-морской базы в Камрани во Вьетнаме и выводе радиоэлектронного центра из Лурдеса на Кубе.
К сожалению, фактическая реакция на дружелюбные жесты была отрицательной. Президент США Джордж Буш официально уведомил Россию о выходе США из российско-американского Договора о противоракетной обороне от 1972 года. Путин назвал решение Буша ошибочным.
Осенью 2001 года продолжалось активное противостояние в ходе Второй чеченской войны. 17 сентября в Грозном был сбит вертолёт с военной комиссией Генерального Штаба, погибли 13 человек.
В этот же день в 6 утра по местному времени отряды чеченских вооружённых формирований численностью до 400 боевиков атаковали город Гудермес. Бандформирования были хорошо вооружены и организованы. Боевики отлично ориентировались на местности и были осведомлены о расположении подразделений федеральных сил. К 16-ти часам боевики контролировали бо;льшую часть города.
Российским войскам пришлось применить артиллерию и авиацию.
На следующий день атака была отбита. Город был блокирован, после чего была проведена тщательная «зачистка». По официальным данным, убито 15 боевиков. Российская сторона потеряла 8 убитыми и 12 ранеными. 24 сентября 2001 года были задержаны пятеро участников незаконных вооружённых формирований, подозреваемых в вооруженном нападении на город.
Чеченские боевики, на стороне Грузии, приняли участие в грузино-абхазском конфликте: 4 октября, грузинских боевиков полувоенного формирования Эмзара Квициани поддержал отряд чеченского полевого командира Руслана Гелаева, при нападении на Кодорское ущелье.
9 октября президент Абхазии Владислав Ардзинба объявил всеобщую мобилизацию резервистов. К середине октября отряды боевиков были разгромлены и выбиты из Кодорского ущелья.
Официальный Тбилиси отверг свою причастность к этой акции. Остался без ответа вопрос о том, каким образом Гелаев со своим отрядом, техникой и боеприпасами сумел незаметно перебраться из восточной части Грузии на запад, в Абхазию. Для этого понадобилось преодолеть примерно 400 км пути. И как затем отряд Гелаева сумел проделать обратный путь, в Панкийское ущелье, причем вместе с ранеными.
29 ноября вдова погибшего чеченского боевика подорвала себя на центральной площади Урус-Мартана, когда там находился комендант района генерал-майор Гейдар Гаджиев. Гаджиев погиб, трое охранников ранены.
Всю осень 2001 года не прекращался поток новостей о катастрофах на транспорте:
21 сентября авиалайнер Ил-86 авиакомпании «Аэрофлот», совершая рейс по маршруту Москва — Дубай, и, заходя на посадку в аэропорту Дубая, по вине экипажа, совершил жёсткую посадку «на брюхо». Обошлось без жертв, но самолёт восстановлению не подлежал.
4 октября, ракета, запущенная с крымского полигона в ходе учений ПВО Украины, сбила пассажирский самолёт «Ту-154» российской авиакомпании «Сибирь». В результате погибли 78 человек— граждане России и Израиля.
19 ноября из-за отказа техники произошла катастрофа самолёта Ил-18 под Калязином. Все 27 человек, бывших на борту, погибли. Пассажирская эксплуатация Ил-18 в России запрещена.