Вскоре, однако, благодаря открытию работ по постройке Сибирской железной дороги, взгляд правительства на переселенческое дело изменяется довольно существенно. Самый вопрос о переселениях изъемлется фактически из непосредственного ведения Министерства внутренних дел и передается в особый комитет по постройке Сибирской железной дороги, где и рассматривается в особой комиссии о различных подготовительных предприятиях, связанных с постройкой этой железной дороги. Комиссия эта, находившаяся под председательством весьма лукавого, но в то же время разумного человека, А.Н. Куломзина, взглянула довольно правильно на переселенский вопрос, и, благодаря докладам этой комиссии, взгляд этот сообщился и самому председателю особого совещания наследнику престола Николаю Александровичу. Взгляд этот основывался на том соображении, что с одной стороны, развитие переселенческого движения никоим образом не могло отзываться дурно на состоянии сельского хозяйства в местах выхода переселенцев, ибо в годы наибольшего развития переселенческого движения число переселившихся в Сибирь лиц обоего пола не достигало даже 1/3 общего годичного прироста населения европейской России. С другой же стороны, являлась совершенно очевидная необходимость приложить все старания к уплотнению населения Сибири, без чего и проводимый через Сибирь великий железнодорожный путь рисковал попасть в положение чересчур трудно обслуживаемого со стороны людского персонала, чересчур убыточного в хозяйственном отношении, ибо было очевидно, что дороге, проводимой по безлюдному краю, не пришлось бы перевозить почти никаких грузов, кроме одних лишь транзитных, которые никоим образом не могли оправдать понесенных на постройку этой железной дороги государством расходов.
С этих пор и до окончания постройки Сибирской железной дороги все меры законодательного характера, касавшиеся урегулирования переселенческого движения, проходят уже не через Государственный Совет, а через Комитет Сибирской железной дороги, который отпускает и весьма значительные по тому времени средства для финансирования различных предприятий, связанных с переселенческим делом. Так, благодаря постановлению этого комитета и на отпущенные им средства, образованы были в 1893 году особые межевые партии по заготовлению и отводу переселенческих участков. Так же точно из сумм Комитета Сибирской железной дороги отпускались значительные средства, с течением времени сильно возраставшие из года в год, на расходы по водворению переселенцев на местах и на воспомоществование им как в пути, так и на устройстве их на местах. Средства эти отпускались по сметам, составлявшимся на местах местными главными начальствами; затем рассматривались подготовительной комиссией при Комитете сибирской дороги под председательством Куломзина, и, наконец, утверждались в самом Особом Комитете.