7 мая в Государственной Думе оглашен был запрос к Председателю Совета Министров по поводу заговора против особы Государя императора, за подписью 34 членов Думы. В ответ на этот запрос Столыпин огласил как в Государственной Думе, так и в Государственном Совете правительственное сообщение о том, что в столице образовалось преступное сообщество, поставившее ближайшей целью своей деятельности совершение ряда террористических актов. Установленным наблюдением обнаружен был круг лиц, как вошедших в состав указанного сообщества, так и имевших с членами его непосредственные сношения. Сношения эти происходили на конспиративных квартирах, постоянно менявшихся, в условиях строгой таинственности, и были обставлены паролями и условными текстами в тех случаях, когда сношения были письменные. Круг лиц прикосновенных, в числе 28 человек, был задержан 31 марта. Выяснилось, что преступное это сообщество поставило себе целью насильственное посягательство на изменение в России образа правления.
Предварительным следствием установлено было, что из числа задержанных лиц значительное число изобличалось в том, что они вступили в образовавшееся в составе Партии социалистов-революционеров сообщество, поставившее целью посягательство на священную особу Государя императора и совершение террористических актов против великого князя Николая Николаевича и Председателя Совета Министров, причем членами этого сообщества предприняты были попытки к изысканию способов проникнуть во дворец Государя, но попытки эти успеха не имели.
Дума единогласно (отсутствовали социал-демократы, социал-революционеры, народные социалисты и трудовики) постановила принять следующую формулу перехода к делам: "Охваченные чувством живейшей радости по поводу счастливо избегнутой опасности, грозившей его императорскому величеству, и относясь с глубоким негодованием к обнаруженному преступному замыслу, Государственная Дума переходит к очередным делам".
В Государственном Совете по поводу сообщения Председателя Совета Министров председательствующий Голубев произнес следующую речь: "Каждый из нас возмущен проявлениями политической, экономической и классовой борьбы посредством убийств, грабежей, взрывов, мятежных подстрекательств юношей и войска и всяческих преступных насилий. Ныне же мы узнали, что образовалось сообщество для насильственного изменения образа правления, для злодейских покушений на представителя исполнительной власти и на члена императорского дома и даже для дерзновенного посягательства на священную особу Государя императора. Буду выразителем воодушевляющих Совет чувств, сказав, что готовящиеся злодеяния вызывают глубочайшее негодование, и мы преисполнены беспредельной радостью, что они были предупреждены. Осталась безуспешною даже попытка злодеев приблизиться к священной особе императора. Да пребудет всегда всемилостивейший Государь император под святым покровом Всевышнего, да продлится на многие годы его царствование для счастья дорогой России".
Речь Голубева покрыта была единодушным "ура" и гимном, исполненным всеми присутствовавшими. От Совета была послана всеподданнейшая телеграмма Государю с выражением одушевляющих Совет чувств.
От московского дворянства после молебствия, совершенного 1 мая в зале Дворянского собрания, послана была Государю следующая телеграмма: "Благодарение Богу, предотвратившему от русского многострадального народа этот новый позор и тягчайший удар. Да сохранит Господь неисчерпаемою милостию своей драгоценные Дни Ваши, Государь, на счастие и благо Родины. Исправляющий обязанности московского губернского предводителя дворянства Базилевский". Подобные же депеши были посланы и от городской думы и других сословных учреждений с разных концов России.
Дело о заговоре по окончании следствия было передано на рассмотрение Военного окружного суда, который приступил к слушанию его 7 августа под председательством генерал-майора Мухина. Как выяснило следствие, обвиняемыми оказались: 1. Отставной лейтенант Никитенко, сын коллежского советника Наумов (Пуркин), Мария Прокофьева и Анна Пигит в том, что вступили в Боевую организацию при Центральном Комитете Партии социалистов-революционеров, поставившей себе целью посягательство на жизнь Государя и изменение образа правления в России имевшимися средствами для взрывов и складом оружия. Устроив конспиративные квартиры, они собирали сведения как для совершения цареубийства, так и для лишения жизни главнокомандующего великого князя Николая Николаевича, выработали текст условных депеш, которыми извещали членов о предстоящих проездах главнокомандующего, и подговаривали других лиц лишить жизни Государя посредством кинжала или разрывного снаряда. Они заручились согласием Наумова, принявшего на себя исполнение цареубийства, снабжая его деньгами для обучения пению на предмет поступления певцом в придворную капеллу, чтобы указанным способом дать ему возможность осуществить цареубийство, и с тою же целью приобрели план Баболовского парка как места обычных прогулок Государя и план Царскосельского дворца с указанием внутреннего пути на нем, где под кабинетом его величества предполагали бросить снаряд. Осуществить не успели, так как были арестованы 31 марта.
2. Дворянин Колосовский, присяжный поверенный Тарасов, Ольга Тарасова, присяжный поверенный Феодосьев, Софья Феодосьева, Антония Эмме, Вера Педькова, крестьянка Бибергаль и Булгаковский в том, что, вступив в вышеназванное общество, они, находясь в постоянных сношениях с главными руководителями Боевой организации, обсуждали с ними план цареубийства и план лишения жизни главнокомандующего, исполняли разные поручения и т. д.
3. Воспитатель Александровского лицея Эмме, присяжный поверенный Чибаров, Завадский и Брусов в том, что, не принадлежа к составу преступного сообщества, но зная о нем, они для подготовления указанных преступлений и содействия Боевой организации предоставляли членам ее свои квартиры, куда можно было проникнуть по определенным паролям.
В результате после девятидневного разбирательства суд вынес следующий приговор: Никитенко, Синявский и Наумов как виновные в приготовлении посягательства на жизнь Государя приговорены были к смертной казни; Нигит, Бибергаль, Рогальский и Колосовский к каторжным работам, первые три на 8, а последний на 4 года; Прокофьева, Педькова, Тарасов и двое Эмме к ссылке на поселение; остальные оправданы.