27 марта пришли вести из Петербурга о первом разногласии Столыпина с Государственной Думой. П. А. Столыпин написал письмо Ф. А. Головину — Председателю Думы — о незаконности приглашения в думские комиссии сведущих лиц, находя это "недопустимым", а в заключении письма просил сообщить ему о мерах, кои Ф. А. Головин намерен принять к недопущению этого явления.
Головин ответил, что по точному смыслу закона законодательные учреждения призваны следить за закономерными действиями исполнительной власти и что законом не дано министрам права делать запросы Государственной Думе, почему Государственная Дума и не находит возможным сообщить, на каких основаниях Дума приняла совершенно правильное решение о приглашении в комиссии компетентных лиц.
29 марта Столыпин в свою очередь ответил, что так как участие этих лиц не предусмотрено законом и так как Председатель Думы отказывается с своей стороны принять какие-либо меры к недопущению их, то он отдает распоряжение заведующему охраной Таврического дворца не допускать в стены дворца никаких посторонних лиц, за исключением указанных в утвержденных 18 февраля с. г. правилах. Одновременно с сим в частном письме Столыпин написал Головину, что в Думе он не может допускать посторонних, так как это было бы нарушением Учреждения Государственной Думы, а вне Думы, конечно, могут происходить какие угодно совещания с приглашением посторонних. В конце концов после обоюдных уступок инцидент был улажен.
30 марта в Государственной Думе были очень резкие выпады по поводу привлечения к суду депутатов Кубстас, Кузнецова и Геруса, обвинявшихся по 126 и 127 статьям Уголовного уложения в принадлежности к преступному сообществу и в речах, направленных к ниспровержению существующего строя.