Вернувшись на свободу, В. Ф. Джунковский оказался в чрезвычайно трудном положении. Надо было добывать средства к существованию не только для себя, но и для больной сестры. Приходилось браться за любую посильную работу. Одно время он был церковным сторожем. Знакомые находили для него уроки французского языка. В это же время В. Ф. Джунковский усиленно трудился над своими воспоминаниями, намереваясь опубликовать их в Издательстве М. и С. Сабашниковых. Точное время начала работы неизвестно, но имеются некоторые косвенные указания. Так, на одном из листов главы "1912 год" есть помета В. Ф. Джунковского: "Я его (митрополита Макария. — Авт.) навещал последний раз в прошлом, т. е. 1922 г." . Из этого следует, что к 1923 г. по крайней мере часть воспоминаний была уже написана и перепечатана.
Основой воспоминаний В. Ф. Джунковского послужил его огромный личный архив, с 1913 г. хранившийся в Петербурге в его казенной квартире на Фонтанке, где помещалось Министерство внутренних дел. Здесь были дневники, которые Владимир Федорович вел почти ежедневно в течение нескольких десятилетий, письма, копии официальных документов, вырезки из газет, театральные афиши и многое другое. В 1915г., после своей отставки, В. Ф. Джунковский по совету известного юриста, сенатора и академика А. Ф. Кони передал значительную часть этих материалов в Рукописный отдел Института русской литературы Российской Академии Наук (Пушкинский Дом). Для работы над воспоминаниями В. Ф. Джунковский приезжал в Пушкинский Дом, где по мере написания собирались сотни страниц его рукописи. Однако общий ход событий в стране круто изменил судьбу автора и его труда.
В конце 1920-х годов вновь начались гонения на творческую и научную интеллигенцию. В НКВД фабриковались "обличительные дела" на деятелей науки и культуры, чье творчество начиналось до революции. В 1929 г. появилось известное "Академическое дело", одним из поводов которого послужил донос о том, что в Пушкинском Доме хранятся письма Николая II петербургскому генерал-губернатору А. Ф. Трепову, рукописи бывшего командира Корпуса жандармов В. Ф. Джунковского и другие материалы. По этому делу проходил директор Пушкинского Дома С. Ф. Платонов и другие ученые, вскоре арестованные .
В. Ф. Джунковский не мог больше пользоваться архивом. К тому же часть его материалов из Пушкинского Дома бесследно исчезла. Машинописная копия воспоминаний была к этому времени готова и хранилась у М. В. Сабашникова, который собирался опубликовать их в своей мемуарной серии "Записи Прошлого", выходившей с 1925 г. Сабашниковы стали и первыми слушателями В. Ф. Джунковского. "По мере написания своих "Записок", — вспоминал позднее М. В. Сабашников, — Владимир Федорович прочитывал их мне и Софии Яковлевне (жена М. В. Сабашникова.— Авт.) вслух. Я часто удивлялся его удивительной памяти и добросовестной точности, с которыми он старался описывать иногда и незначительные подробности" .
Между тем среди осужденных и высланных оказался С. В. Бахрушин — один из редакторов "Записей Прошлого", а в декабре 1930 г. сам М. В. Сабашников был арестован по другому, также сфабрикованному НКВД делу. И хотя следствие через полтора месяца было прекращено и М. В. Сабашников освобожден, издательство оказалось на грани ликвидации. Его удалось сохранить до 1934 г. под фирмой кооперативно-промысловой артели "Север", но о публикации мемуаров В. Ф. Джунковского не могло быть и речи.
В 1934 г. машинописная копия воспоминаний В. Ф. Джунковского, возвращенная М. В. Сабашниковым автору, была приобретена В. Д. Бонч-Бруевичем для Государственного литературного музея за 50 тысяч рублей. Это дало В. Ф. Джунковскому "средства к жизни на несколько лет" . Когда В. Д. Бонч-Бруевич уведомил о покупке Отдел культуры ЦК ВКП(б), Комиссия партийного контроля ВКП(б) осудила это как покровительство бывшему царскому генералу. Однако благодаря своему авторитету и заслугам В. Д. Бонч-Бруевич смог отстоять интересы Литературного музея, директором которого он был, и сумел сохранить этот важный и уникальный исторический источник.
Впоследствии рукопись воспоминаний вместе с подготовительными материалами была передана в архив, который в настоящее время называется Государственным архивом Российской Федерации (ГА РФ), где они и хранятся по сей день .
Судьба же самого В. Ф. Джунковского, как ни старался он не привлекать к себе внимание новой власти, сложилась трагически. В конце 1937 г. он был вновь арестован и специальной тройкой НКВД приговорен к расстрелу. 21 февраля 1938 г. приговор был приведен в исполнение .
