Наряду с другими мерами для решительного искоренения грабежей и разбоев, приказом моим от 14-го апреля образованы были особые военно-судные комиссии при начальниках гарнизонов, комендантов крепостей, а, впоследствии, при штабах корпусов, дивизий и отдельных бригад. Комиссии в составе председателя и пяти членов назначались по возможности из лиц с высшим юридическим образованием, а делопроизводитель обязательно с таковым. Комиссии подчинены были непосредственно главному прокурору. Их рассмотрению подлежали дела об убийствах, грабежах, разбоях, кражах, самочинных и незаконных реквизициях, а равно о всяких других незаконных действиях, клонящихся к стеснению местных жителей, совершаемых военнослужащими. Пределы власти каждой комиссии распространялись на территории соответствующего уезда или на чинов данного войскового соединения. Несколько позднее, в интересах более полного обеспечения мирного населения, в состав комиссии было включено по два представителя крестьян от волости с правом совещательного голоса и присутствия при производстве комиссией расследования, причем производящий расследование обязан был отмечать в соответствующих протоколах и актах о пожеланиях представителей волости и удовлетворять их, если они не противоречили закону и могли быть выполнены без ущерба для дела.
Расследование дела производилось одним из членов комиссии на правах военного следователя, но без тех формальностей, кои установлены в законе при производстве предварительного следствия. Конечно, при такой конструкции допускалось некоторое смешение следственных и чисто судебных функций, но в условиях работы комиссий, которые должны были обладать всей полнотой власти и независимостью и в то же время действовать скоро и решительно, этот недостаток был неизбежен. Однако, член комиссии, производящий расследование не мог участвовать в постановлении по данному делу приговора по существу. При рассмотрении дел военно-судные комиссии должны были руководствоваться правилами о военно-полевых судах. Приговоры утверждались соответствующими военными начальниками. В случае несогласия последних с приговором, дело передавалось в корпусный или военно-окружной суд.
Военно-судные комиссии за все время нашей борьбы в Крыму оказали правительству огромную помощь в борьбе со всевозможными злоупотреблениями, разъедавшими армию. Грабежи войск прекратились почти совершенно. Об этом свидетельствовали ряд беспристрастных очевидцев, целый ряд приговоров сельских сходов, обращавшихся ко мне с благодарностью за учреждение комиссий, избавивших население от грабежей и разбоев, красноречивее всяких слов свидетельствовавшие об их значении. Даже та часть крымской прессы, которая первоначально высказывалась против военно-судных комиссий, вынуждена была впоследствии признать их полезное значение.
Рядом приказов были изъяты из ведения военно-полевых судов дела о несовершеннолетних от десяти до семнадцатилетнего возраста и исполнение приговоров над присужденными к смертной казни предписывалось не производить публично. При общем огрубении нравов публичное приведение приговоров в исполнение мало устрашало, вызывая лишь еще большее нравственное отупение.