С первых дней вступления Протопопова в управление министерством началась травля его со стороны Государственной думы, а вместе с ним и всего правительства, и сразу стало ясно, что пребывание в составе правительства Протопопова и одновременное существование Государственной думы немыслимо и поведет в будущем к большим осложнениям. А может быть, и к катастрофе. Это мною было высказано директору Департамента полиции Васильеву еще в ноябре 1916 г., на что я получил ответ, что будет взят твердый курс и опасаться поэтому нечего. Такой ответ меня даже обрадовал, так как для органов исполнительной власти нет ничего хуже неуверенности и колебания. Я даже высказал свое мнение, что ввиду резко непримиримой позиции, занятой Государственной думой по отношению правительства, своевременно бы было IV Государственную думу распустить совсем, впредь до созыва V Государственной думы, что могло быть сделано уже по окончании войны. Однако этот твердый курс был только на словах. Отношения с Государственной думой, с Государственным советом и даже Советом министров у Протопопова все больше и больше обострялись, положение становилось невыносимым, а между тем Протопопов, не желая сам выходить в отставку, в то же время не принимал абсолютно никаких мер ни против оппозиции, ни против нарастания революционного настроения в Государственной думе и в общественных организациях, несмотря на неоднократные и повторные мои доклады. Протопопов, должно быть, не понимал или не хотел понять своего положения; он все еще считал себя представителем общественности, с одной стороны, а с другой - человеком, необходимым Государю и России, предназначенным вывести их из больших затруднений. В январе 1917 г., ввиду грозно надвигающихся событий, во время одного из моих докладов он меня спросил: «что делать». Я сказал, что есть только два решения:
«Или вы должны уйти в отставку, или должны распустить совершенно Государственную думу, после чего ликвидировать ее революционный центр». На это Протопопов ответил:
«В такой тяжелый момент я не могу покинуть моего Государя, что же касается роспуска Государственной думы, то это зависит не от меня, а от председателя Совета министров князя Голицына, который носит в кармане готовый указ, но не решается его обнародовать». Этот указ действительно у Голицына был, и он его обнародовал 27 февраля, когда уже было поздно.
Я думаю, что Протопопов искренно верил, что призван спасти Россию, и полагал, что это произойдет как-то само собой, только благодаря его преданности и близости к царской семье. Нужно ему отдать справедливость, он обожал царскую семью, а в особенности Императрицу Александру Федоровну, о которой всегда восторженно отзывался. Все свое благополучие и твердость на своем посту он строил на этой близости к царской семье и своей бесконечной ей преданности. Ему, очевидно, удалось уловить тот психологический нерв, если можно так выразиться, который привязывал Императора к Распутину. После смерти последнего, мне думается, что Протопопов постепенно стал заменять его и пользовался таким же беспредельным доверием Государыни, как раньше Распутин. Этим только возможно объяснить то обстоятельство, что несмотря на ожесточенную борьбу Государственной думы с правительством из-за Протопопова, он не сменялся до самого конца.