Среди немецкого офицерства немало было тех, кому претила пропаганда оголтелого антисемитизма. Майор Клаге тайно предупредил евреев о готовящейся ликвидации гетто, которая состоялась 20 сентября. Гетто стерли с лица земли, уничтожили слабых, нетрудоспособных — детей и стариков. Моя подруга Аронхаус, смелая, благородная женщина, отказалась расстаться со своим престарелым отцом и вместе с ним пошла на смерть. Тех, кто еще мог пригодиться, согнали в отдельный лагерь. Из них не стали больше формировать общины или группы, подчиняющейся комиссару гетто, их просто раздали разным хозяевам, как рабов. Многих отправили обслуживать военную технику и армейские грузовики, в организацию Тодта, в армейские мастерские или в провинцию добывать торф, строить дороги, прокладывать железнодорожные пути.
В это время гетто в Каунасе из-под юрисдикции городского комиссара перешло в ведомство СС и превратилось в концентрационный лагерь. Всякая культурная жизнь за колючей проволокой прекратилась. Дома пронумеровали и разбили на 330 блоков. В каждом доме пересчитали всех жильцов, если кого не досчитались — виноваты были все остальные. Половину узников разместили на аэродроме, вторую — в предместье Шанцы. Всем велели раздеться и погнали на дезинфекцию, в это время выпотрошили дома, вынесли, что только можно было. Потом выдали невольникам лагерную форму. Хотели было всех наголо побрить, но не стали. Прислали из рейха человек десять «не-евреев», уголовников, и назначили их в лагерь надсмотрщиками.
По еврейскому вопросу главным был некоторое время Геке, потом появился еще и Бруно Киттель — тот, что ранее возглавил ликвидацию вильнюсского и варшавского гетто, редкостная скотина.
В октябре Гёке потребовал от совета старейшин список невольников для депортации в Эстонию. Старейшины отобрали слабых и убогих, эсэсовцы вламывались в дома и хватали всех подряд — списки проклятых пополнились. От тех, кого увезли в Эстонию, не было никаких вестей. Лишь после освобождения один из немногих уцелевших, Анолик, высланный из Вильнюса в Эстонию 22 сентября, рассказал о том, что ему и остальным довелось пережить.