Мирное течение нарушилось сейчас же с выходом в 1860 году в отставку князя Щербатова. При князе Щербатове, как и при Мусине-Пушкине, не было никакого университетского устава и все зависело от воли попечителя. Но эта воля была мягкая, благорасположенная, гуманная, понимавшая природу молодежи и бережливо относившаяся к ее чувству достоинства. Отношения между попечителем и студентами были чисто личные, как бы добровольные, не скрепленные никаким писаным регламентом. Поэтому-то еще большего удивления и похвалы заслуживают тактичность и искусство управления князя Щербатова такой многолюдной корпорацией, как университет, и в такое время всеобщего возбуждения, какое было тогда. После князя Щербатова наступает время писаных учреждений и перемена в личном составе министерства народного просвещения. 1860 год прошел еще сравнительно мирно, хотя студенты уже начинали волноваться, но роковым временем для Петербургского университета был 1861 год.
В мае этого года были утверждены новые правила для студентов, отменявшие форменную одежду и сдававшие в архив традиционный студенческий мундир с синим воротником, запрещавшие сходки и ограничивавшие число освобождаемых от платы за лекции.
Правила эти совпали с назначением министром народного просвещения моряка, адмирала Путятина. Попечителем же был сменивший князя Щербатова кавказский генерал Филипсон. В автобиографии Костомарова сделана такая характеристика Путятина и Филипсона: "Назначили нового министра народного просвещения Путятина. Он позвал к себе профессоров и начал читать им грозную речь: "Знаю, ваше дело! (это было после шествия в Колокольную). Между вами есть такие, которые волнуют студентов! Я доберусь, разберу эти дела! Вы понимаете, господа, я говорю откровенно!" О Филипсоне же Костомаров приводит отзыв генерала Ребиндера: "Попечитель Филипсон — добрый малый, но что просто несчастная подставная палка!" Не знаю, насколько безошибочна эта характеристика, по крайней мере, о подобном приеме министром профессоров ни слова не говорит г. Спасович в своей статье о Петербургском университете. Граф Е. Ф. Путятин, моряк школы Лазарева и его любимец, известен заключением торгового договора с Японией в 1854 году и Тяньдзинского трактата с Китаем в 1858 году. Генерал Г. И. Филипсон — офицер Генерального штаба, служивший на Кавказе у Раевского и пользовавшийся его доверием. Этими ссылками я хочу сказать, что и Путятин и Филипсон не были рядовыми генералами, взятыми из строя. Мало того что Путятин не был рядовым генералом, но у него была точно определенная программа, с которой он вступил в управление министерством. Граф Путятин желал преобразовать университеты в закрытые заведения по английскому образцу, дарового высшего образования он не допускал, чтобы не заставлять бедный народ платить мл образование людей состоятельных. Это, несомненно, была программа очень определенная. Все несчастье программы заключалось в том, что она готова была обрушиться на университет внезапно и что выполнителями ее явились военные люди, и по воспитанию, и по роду занятий совершенно чуждые университету, но зато очень способные применить к нему приемы той школы, в которой они воспитались: граф Путятин — черноморской школы адмирала Лазарева, а генерал Филипсон — кавказской школы Раевского. Как скоро реформа университета и высшее его управление впали в полную зависимость от военных взглядов и привычек, не могли не я питься и те последствия, которые явились.
В тексте "Русской мысли" в главах XIII и XIV сделано множество купюр. В издании 1891 года обе главы полностью изъяты цензурой и за главой XII сразу следует XV.