Война не могла не изменить планов навигации лета 1941 года. Часть транспортных судов была передана военному флоту, ушли на фронт многие опытные моряки. Экипажам остальных судов пришлось работать с большим напряжением.
Основной поток грузов в прежние годы шёл из Мурманска, теперь же — из Архангельска. К чести работников Архангельского арктического пароходства и отделения Арктикснаба следует сказать, что они справились с неожиданно возросшей работой и без особых задержек грузили и отправляли корабли в море. А если и бывали задержки в портах отправления, то объяснялись они уже обстоятельствами военного времени: формированием конвоев и ожиданием распоряжений штаба Беломорской военной флотилии (БВФ) о выходе в море.
Летом 1941 года деятельность вражеских подводных лодок и самолётов ограничивалась только Баренцевым и Белым морями. В самые первые месяцы войны морскому судоходству на Севере гитлеровцы ещё не смогли нанести какого-либо урона, моряки Северного флота бдительно охраняли морские коммуникации, а лётчики — небо над Белым морем. Но, учитывая сложившуюся военную ситуацию, решением ГКО в составе Северного флота была создана Беломорская военная флотилия. Её штаб находился в Архангельске. В задачу БВФ входили охрана больших водных районов от подлодок противника, предохранение от мин и защита от немецких самолётов одиночных транспортов и конвоев. Кроме того, флотилия проводила переброски войск по внутренним морским коммуникациям, когда этого требовала обстановка…
Беломорской военной флотилии были приданы миноносцы и сторожевые корабли. В неё же вошли мобилизованные суда Главсевморпути и рыбной промышленности. Из них был сформирован Северный отряд БВФ под командованием капитана первого ранга Николая Петровича Аннина.
Об этом замечательном человеке хочется сказать несколько слов. Уроженец Кронштадта, потомственный моряк, он в 1918 году юношей вступил в члены Коммунистической партии и пошёл добровольцем на фронт. Аннин командовал отрядом конной разведки на Южном фронте, потом водил отряд слушателей Высшей партийной школы на штурм Кронштадта во время контрреволюционного мятежа, затем воевал против белокитайцев в составе Амурской флотилии.
В 1936 году Аннин сражался в Испании, в рядах интернациональной бригады. Ордена Ленина и Красного Знамени, именное оружие — награды Родины за его боевые подвиги. Теперь Николая Петровича поставили во главе Северного отряда БВФ.
Наиболее крупными и хорошо вооружёнными кораблями Северного отряда БВФ были ледорез «Литке» и ледокольный пароход «Дежнев». Они стали называться сторожевыми кораблями, и вместо привычных нам названий на их бортах появились военные обозначения СКР-18 и СКР-19. Сторожевыми кораблями стали также гидрографические шхуны ГУСМП «Циркуль», «Полярник» и «Папанин». Несколько рыболовных траулеров тоже поступили под команду Н. И. Аннина.
Северный отряд БВФ нёс охрану самых отдалённых арктических коммуникаций непосредственно в полярном бассейне. Флагман Северного отряда СКР-18 вместе с другими сторожевыми кораблями конвоировал транспортные суда в Арктике, нёс дозорную службу на трассе Северного морского пути. Личный состав этого судна состоял в основном из кадровых полярных моряков, мобилизованных вместе с кораблём в Военно-Морской Флот. Командовал кораблём молодой капитан, на редкость хладнокровный человек Александр Иванович Ветров, прошедший морскую выучку у таких знаменитых судоводителей, как М. Я. Сорокин и В. И. Воронин.
Большие изменения произошли в гидрографическом флоте ГУСМП. Часть гидрографических судов стала плавать под военным флагом в составе Северного отряда БВФ, несла службу наблюдения и патрулирование в Новоземельских проливах Югорский Шар и Маточкин Шар. Начальником гидрографического отдела БВФ был назначен один из старейших и прославленных полярных капитанов Иван Сергеевич Котцов. Я знал его давно. И. С. Котцов был одним из тех, кто снял нашу четвёрку с льдины в феврале 1938 года, — он командовал тогда ледоколом «Мурман». А до этого он на «Таймыре» вывозил в 1933 году моих товарищей и меня из бухты Тихой.
Я преклоняюсь перед беззаветным мужеством моряков и инженеров гидрографических судов во время войны. Может со стороны показаться — далеко они были от фронта. Совсем пет. На плохо вооружённых мотопарусных шхунах изо дня в день несли они свою — тоже солдатскую! — службу и, не боясь врага, работали, часто под обстрелом. Опасность, холод и голод были их постоянными спутниками, так же как стойкость, находчивость и великое терпение.