По окончании духовного училища Николай уже мальчиком-подростком едет в Саратов и поступает в ту самую духовную семинарию, в которой учился его отец и заканчивал курс обучения старший брат Александр. Годы учения Николая Николаевича в семинарии пали на тревожное, богатое событиями время первой русской революции и последующих за ней лет. Зимой 1904-1905 уч. года -- года поступления Николая Николаевича в духовную школу -- мощная волна революционного движения прокатилась по всей стране. Слухи об уличных боях на баррикадах Москвы, о демонстрациях и забастовках во многих крупных и малых промышленных городах докатились и до стен семинарии. Революционные настроения проникли и в среду учащейся молодежи духовной школы. Резко упала дисциплина, на старших курсах мечтали о поступлении в университеты, о светской карьере. Духовное звание мало кого привлекало, верующих в подлинном смысле слова, понимающих значение пастырства и желающих посвятить себя служению на ниве церковной, было мало, и семинарское начальство было хорошо осведомлено об этой нежелательной для духовной школы настроенности ее воспитанников. По всей вероятности, как показал дальнейший ход событий, среди учащихся существовали и нелегальные революционные кружки и велась тайная пропаганда недозволенных учений. Все это не могло не волновать семинарское начальство. Однако, вместо того чтобы улучшить постановку дела, углубить воспитательную работу среди учащихся, всеми способами раскрывать и разъяснять высокий смысл пастырского служения и его значения для русского народа, косневшего в темноте и невежестве, семинарское начальство, по всей вероятности не без нажима со стороны правящего саратовского архиерея Гермогена, известного своими крайне правыми взглядами, пошло по линии усиления строгости, введения дисциплинарных мер и административного воздействия. Особенной строгостью отличался инспектор семинарии Целебровский. Человек умный, но властный, убежденный монархист, он ввел в стенах семинарии жесткий режим; за малейшую провинность следовали суровые наказания вплоть до исключения. Больше заботились не столько о религиозно-нравственной настроенности будущих пастырей, сколько об их политической благонадежности. Это смешение духовного с мирским, Церкви с политикой, больно затрагивало наиболее чуткие души. Всюду росло недовольство, и оно проникало не только в среду революционно настроенной молодежи, но и тех юношей, которые сохранили веру отцов и готовы были отдать всю жизнь на служение Церкви. Николай Николаевич никогда, даже в самые молодые свои годы, не был революционером и не проявлял интереса ни к партийной, ни к политической работе вообще. В семинарии, особенно на последнем курсе, он с большим интересом занимался такими предметами, как история философии и психология (преподавателя последней он очень хвалил), много читал по этим предметам. Уже в семинарии он познакомился с некоторыми классиками и увлекся философией Вл. Соловьева. Но строгости, введенные Целебровским, возмущали и его, и когда общее недовольство кончилось взрывом -- один из студентов убил Целебровского -- и начались массовые исключения виновных и невиновных, он сам подал заявление об уходе из семинарии. Заявление было охотно принято, никто не поговорил с юношей по душам, никто не постарался удержать его в стенах школы. Отец, узнав об этом, пришел в отчаяние: рушились мысли об Академии, о высшем духовном образовании, к которому стремился и сам Николай Николаевич. Под угрозой стояла вообще возможность закончить курс среднего образования, следовательно впереди был путь недоучки, и это при богатых способностях любимого сына. Он бросился к ректору и архиерею (еп. Гермогену) с просьбой принять сына обратно, дать ему возможность доучиться, тем более, что по успеваемости он шел в первых рядах, но ни тот, ни другой не пошли на уступки: уход по собственному желанию оказался в сущности исключением.
Об этом эпизоде в своей жизни Николай Николаевич вспоминал с грустью, хотя и не сожалел о годах, проведенных в духовной школе. Он считал, что эта школа, несмотря на многие серьезные недостатки в постановке дела, все же многое дала ему: возбудила и укрепила любовь к философско-богословским наукам, серьезно подготовила к самостоятельным занятиям в высшей школе. Уровень развития семинаристов, по его отзыву, был значительно выше уровня гимназистов. Уйдя из семинарии, он стал интенсивно готовиться к поступлению в седьмой класс классической гимназии. Все лето пришлось провести в занятиях математикой и французским языком, так как программы по этим предметам в гимназии были выше, чем в семинарии.
Осенью 1907-1908 уч. года он сдал экзамены в седьмой класс царицынской гимназии и, окончив ее осенью следующего года (1908/9 уч. год), поступил, с согласия отца, на юридический факультет Московского университета. Духовная карьера для него, исключенного семинариста, была закрыта.
