Судьба В. Ф. Джунковского резко изменилась в 1905г.: 4 февраля этого года великий князь Сергей Александрович был убит бомбой, брошенной эсером-террористом Каляевым. В своих мемуарах В. Ф. Джунковский описывает это событие очень сдержанно, не выражая своих личных чувств, хотя с деталями и фактическими подробностями. Вряд ли кто осмелится упрекнуть за это мемуариста, помня, что он писал эти строки, когда одна из центральных улиц Москвы была названа именем Каляева — убийцы великого князя, а Сергиевский народный дом был переименован в клуб имени Каляева.
Больше полугода В. Ф. Джунковский продолжал числиться в прежней должности адъютанта погибшего великого князя. Однако за это время он сильно продвинулся по служебной лестнице — в апреле 1905 г., в память о великом князе, он был сразу же, минуя чин подполковника, произведен в полковники.
30 июля 1905 г. В. Ф. Джунковский был назначен московским вице-губернатором, но оставался в этой должности всего три месяца и 11 ноября 1905 г. заменил престарелого московского губернатора Г. И. Кристи. Надо сказать, что В. Ф. Джунковский вполне подходил для этого, так как, состоя при генерал-губернаторе, был не только его адъютантом, но и помощником, готовил документы и решения по многим административным вопросам. Чтобы понять степень полномочий и ответственности губернатора и его место во властных структурах города и губернии, надо посмотреть прежде всего, что же представляла собой первопрестольная столица России в начале XX столетия.
К этому времени Москва заметно расширила свои границы и была одним из крупных промышленных городов мира. Ее население с пригородами составляло более 1,6 миллиона человек, и по числу жителей город вышел на девятое место в мире, уступая лишь Лондону, Нью-Йорку, Парижу, Берлину, Чикаго, Вене, Петербургу и Филадельфии . В течение нескольких предвоенных лет население Москвы ежегодно увеличивалось на 50 тысяч человек — число жителей среднего российского губернского города. Заметно менялся и внешний облик Москвы. Начавшийся в России экономический подъем вызвал строительную горячку. Быстрыми темпами возводились жилые дома, торговые заведения, банки, роскошные особняки. Строились здания Казанского и Брянского (Киевского) вокзалов, московского почтамта и другие общественные сооружения. Город опоясала Окружная железная дорога, соединившая десять вокзалов, конка была почти вытеснена трамваем, а кареты и экипажи соседствовали с автомобилями. Около 20 улиц в центре освещались электричеством, работал телефон.
В ведении губернатора была и Московская губерния с ее 13 уездами, заштатным городом Воскресенском, Павловским и Сергиевым посадами, 166 волостями, включающими более 3,5 тысяч сельских обществ и более 5,5 тысяч селений. Губерния являлась основной административной единицей Российской империи.
В бытность В. Ф. Джунковского губернатором высшая административная власть в Москве и губернии была представлена генерал-губернатором, губернатором и градоначальником. Наряду с ними существовали выборные представительные органы: губернское земское собрание и его исполнительный орган — земская управа, и городская дума с городской управой и ее председателем — городским головой. В этой системе генерал-губернатор обладал высшей военной и административной властью, которая значительно расширялась в периоды "исключительного положения". Так было во время декабрьского вооруженного восстания 1905 г., подавленного Ф. В. Дубасовым с помощью войск и полиции. Функции же градоначальника в Москве были чисто полицейскими и распространялись только на город.
В руках губернатора была сосредоточена административная власть на территории губернии и города. Он возглавлял губернское правление и больше десятка различных совещательных учреждений — присутствий, комитетов, комиссий. С их помощью губернатор осуществлял надзор за фабрично-заводской промышленностью и рабочими, за губернской полицией, поступлением податей, набором рекрутов, за крестьянскими, земскими и городскими органами самоуправления и проч. В. Ф. Джунковский подробно описал эту сторону своей деятельности и даже привел распорядок дня губернатора в конце пятой главы своих воспоминаний .
Роль, которую играл губернатор во властной системе, определялась не только его официальным статусом, но во многом и самой личностью человека, занимавшего этот пост. Так, Г. И. Кристи при генерал-губернаторе великом князе Сергее Александровиче и даже после его гибели оставался обычно в тени, на втором плане, в то время как В. Ф. Джунковский, будучи еще вице-губернатором, исполнял обязанности губернатора de jure и de facto.
