Прошло немного времени после этого, и стала создаваться вполне благоприятная обстановка. На банкете, посвященном выборам 1946 года в Академию наук СССР, С. И. Вавилов подошел ко мне и провозгласил тост за развитие истинной генетики. Напротив меня сидел член-корреспондент А. П. Виноградов, будущий академик и вице-президент Академии наук СССР. С. И. Вавилов приветствовал его и пожелал успехов науке о Земле. Затем он приветствовал избранного тогда самого молодого академика Мстислава Всеволодовича Келдыша, будущего президента Академии наук СССР.
Президиум Академии наук СССР во главе с С. И. Вавиловым проводил серьезную, продуманную работу по развитию генетики в нашей стране. Я много раз беседовал по этим вопросам с Сергеем Ивановичем и всегда получал от него полную поддержку. Поскольку Институт генетики под руководством Т. Д. Лысенко современными проблемами генетики не занимался, была договоренность об организации нового института, под названием Института цитологии и генетики, которому предполагалось поручить исследование проблем наследственности с широким привлечением методов математики, физики и химии.
После встреч с С. И. Вавиловым дела с организацией нового института стали быстро продвигаться. 12 марта 1946 года бюро биологического отделения вынесло решение об организации Института цитологии и генетики на базе лаборатории цитогенетики Института цитологии, гистологии и эмбриологии. В течение двух дней, 8 и 9 апреля 1946 года, бюро биологического отделения заседало на Воронцовом поле, б, совместно с Ученым советом Института цитологии, гистологии и эмбриологии. Открывая обсуждение, академик-секретарь отделения Л. А. Орбели указал на настоятельную необходимость развития генетической науки в плане, представленном работами нашей лаборатории. Заместитель академика-секретаря А. И. Опарин заявил, что при обсуждении вопроса о развитии генетической науки в нашей стране взоры биологического отделения обращаются на лабораторию цитогенетики данного института, ибо в ней сосредоточены те кадры ученых, которые должны будут занять руководящее положение в новом Институте цитологии и генетики. А. И. Опарин посчитал нужным подчеркнуть, что нигде в другом месте нужных кадров для развития современной генетики мы не имеем. В том же духе прозвучало выступление члена бюро отделения Е. Н. Павловского.
Бюро биологического отделения АН СССР официально предложило мне быть руководителем организуемого Института цитологии и генетики. Я обратился к С. И. Вавилову с письмом, в котором просил принять меры к ускорению организации Института цитологии и генетики, передаче этому институту всего здания на Воронцовом поле, 6, и к организации журнала под названием "Генетика и цитология".
Естественно, что такое положение дел вызвало яростное сопротивление со стороны руководства ВАСХНИЛ и Института генетики АН СССР. В этой борьбе очень эффективно были использованы статья А. Р. Жебрака, напечатанная в 1946 году в американском журнале "Наука", и моя статья, появившаяся в том же журнале несколько позже. А. Р. Жебрак сделал в своей статье ряд критических замечаний в адрес Т. Д. Лысенко. Я не упомянул его имени. В центральных газетах обе эти статьи, и особенно статья А. Р. Жебрака, подверглись резкой критике. Дело А. Р. Жебрака передали в суд чести Министерства высшего образования. Председателем этого суда был А. М. Самарин. Я выступил на этом суде единственным защитником А. Р. Жебрака, заявив о его чистых, патриотических побуждениях и о том, что объективно эта статья принесла пользу, так как она показала свободу мнений в нашей науке, что так оспаривалось буржуазными критиками.
Суд чести вынес А. Р. Жебраку общественное порицание. Вопрос о моей статье передали в суд чести Академии наук СССР. Если бы он состоялся, судьба нашей лаборатории и организация Института цитологии и генетики были бы серьезно подорваны. Однако президент С. И. Вавилов и председатель суда чести АН СССР Н. В. Цицин решительно опротестовали эту попытку. Серьезную помощь в этом деле оказала также позиция коллектива Института цитологии, гистологии и эмбриологии. Общее собрание института, проходившее 24 ноября и 2 декабря 1947 года, вынесло решение, которое заканчивалось утверждением, что нет никаких оснований для разбора материала о Н. П. Дубинине в суде чести.
С. И. Вавилов и Н. В. Цицин сообщили мне, что президиум АН СССР не находит материалов для предания меня суду чести, что в глазах президиума я ни в какой мере не опорочен прошедшими событиями и дело с организацией института будет продолжаться.